本處設下列科、室，分別掌理各有關事項：
一、企劃科：各項航空城計畫工程業務推展、綜合性計畫、統籌年度相關
    預算編列、經費執行控管、跨機關工程案件協調窗口、地上物查估及
    複估等事項。
二、工程設計科：各項航空城計畫工程規劃、設計及專案管理等事項。
三、土木工程科：各項航空城計畫工程之履約管理、施工管理、驗收及移
    交接管等事項。
四、工程管理科：各項航空城計畫工程之督導、管考、施工品質查證、材
    料設備抽驗、職業安全衛生管理及施工抽查等事項。
五、秘書室：文書、檔案、出納、總務、財產管理與資訊、法制、國賠爭
    議與訴訟案件處理、公關、新聞發布、研考等業務及不屬於其他各單
    位等事項。