本所設下列三課，分別掌理各有關事項：
  一、農務研究課：掌理農藝、園藝、保健作物、土壤肥料、病蟲草害、
      農產品加工試驗研究及利用、農藥使用及教育，農業產銷研究與成
      果推廣，生物多樣性及種原保育等事項。
  二、農業推廣課：掌理農藝、園藝、保健作物之優良種苗繁殖生產推廣
      、休閒農業經營管理及輔導、農業機械化推廣及農業氣象管理等事
      項。
  三、行政管理課：掌理法制、新聞、庶務、印信、文書、出納、採購行
      政、公文稽催、檔案管理、管理考核、為民服務、公共關係、資訊
      管理、財產管理、所務會務、綜合業務、動員業務、及不屬其他各
      課室等事項。