政府機關（構）應於本條例施行日起六個月內完成政治檔案之清查，並編
製目錄依規定程序報送檔案局。必要時得予延長，延長期間不得逾六個月
。
檔案局審定政府機關（構）管有之政治檔案，應以檢視檔案目錄或檔案內
容方式為之。必要時，得邀請學者專家參與。
政府機關（構）管有檔案經檔案局審定屬政治檔案者，應於指定期限內移
轉為國家檔案；未移轉前，應依本條例之規定妥善保管並提供應用。
前項政治檔案，有國家機密保護法第十二條核定之國家機密者，於解密前
，原件暫不移轉。但應就涉及國家安全情報來源或管道之國家機密部分經
分離處理後，以複製品併入原案卷移轉，並於檔案目錄註記說明及提供應
用。
政府機關（構）於第一項期間屆至後，仍應依本條例持續辦理政治檔案清
查及報送，檔案局認有必要時，得辦理專案徵集。
前項清查有中華民國八十一年十一月六日後產生之檔案或各類紀錄及文件
，其內容與第三條第一款所定事件或體制相關者，應併同報送，檔案局得
併審定為政治檔案。政黨、附隨組織及黨營機構持有政治檔案之通報、主
管機關之調查及審定，亦同。

一、第一項及第二項未修正。
二、第三項本文未修正；但書移列第四項規範，並修正如下：
    （一）參考「國家機密保護法」部分條文修正審酌政府資訊應以公開
          為原則，限制為例外，如有限制開放必要應設有期限，以維護
          人民知的權利，將該法第十二條有關國家安全情報來源或管道
          之國家機密應永久保密之規定，修正為定期檢討，爰將原但書
          有關永久保密政治檔案之規定修正改採引述國家機密保護法條
          次方式，以維彈性。另考量該等國家機密涉及國家情報工作網
          絡之建立及安全維護，以及情報機關日常業務運用需要，又本
          條例係以開放政治檔案應用為目的，倘未解密前即移轉至檔案
          局管理，並無法達成開放應用目的，且為避免該等具高度機敏
          檔案原件於定期解降密檢討過程往返移動之風險等，爰明定於
          解密前，原件暫不移轉至檔案局管理，列為本項本文。
    （二）基於衡平國家安全與轉型正義之公益，針對屬國家機密保護法
          第十二條所定國家機密之政治檔案，政府機關（構）應就涉及
          國家安全情報來源或管道之國家機密部分經複製及分離處理後
          ，再將該等複製品置回檔案原案卷抽離處，併隨全案移轉至檔
          案局管理，俾利目錄資訊公布及檔案開放應用，爰增訂但書規
          定。至相關檔案目錄公布後，個人或團體如有申請應用該檔案
          保密部分之需要，自得依國家機密保護法第十條規定向核定機
          密之機關提出申請解除機密、變更機密等級或行政救濟。
三、依原條文之立法理由，於本條例公布施行後，政府機關（構）於第一
    項期間屆至後，應持續辦理政治檔案清查及報送，檔案局認有必要，
    亦得辦理專案徵集，現行實務亦據以執行在案。為符合現行實務執行
    情形，爰增訂第五項，以資明確。
四、考量威權統治不因金門、馬祖、東沙及南沙地區於八十一年十一月六
    日宣告解嚴而一夕瓦解，而係漸次衰退，且實務上檔案案情與二二八
    事件、動員戡亂體制或戒嚴體制具有延續性與關聯性，亦須漸次處理
    威權統治時期之遺緒，有擴大徵集政治檔案必要，以呈現完整圖像，
    爰增訂第六項規定八十一年十一月六日後產生之檔案或各類紀錄及文
    件，有事實足認其內容與二二八事件、動員戡亂體制或戒嚴體制關聯
    ，管有是類檔案之政府機關（構）應併同報送檔案局；持有是類檔案
    之政黨、附隨組織及黨營機構亦應通報國家發展委員會；檔案局得予
    審定或國家發展委員會得調查、審定是類檔案為政治檔案。經審定為
    政治檔案後，政府機關（構）、政黨、附隨組織及黨營機構應於期限
    內移轉或移歸為國家檔案。另依法有權調查機關於其行使職權過程、
    一般機關或民眾發現是類檔案，亦得通報主管機關，併予敘明。