本局設下列各科，分別掌理有關事項：
  一、醫政科：掌理醫事機構、護產機構、醫事人員管理、醫療品質管制
      、緊急醫療救護、精神及心理衛生、長期照護、配合全民健康保險
      宣導、家庭暴力暨性侵害防治中心醫療服務等事項。
  二、藥政科：掌理藥局、藥商、藥物、化粧品及藥事人員管理等事項。
  三、食品衛生科：掌理食品衛生、健康食品管理、國民營養等事項。
  四、保健科：掌理婦幼衛生、癌症防治、中老年病防治、職業病防治、
      口腔衛生、視力保健、菸害防治、衛生教育、衛生所業務管理等事
      項。
  五、疾病管制科：掌理傳染病防治、營業衛生管理、外籍勞工健康管理
      等事項。
  六、檢驗科：掌理公共衛生檢驗等事項。
  七、企劃科：掌理衛生企劃、研考、為民服務、資訊、法制作業等事項
      。
  八、行政科：掌理文書、檔案、印信、庶務、出納及其他不屬各科等事
      項。