保育研究課之職掌如左：
  一、關於本國家公園區域內自然生態體系調查登錄與研究事項。
  二、關於本國家公園區域內地形、地質、人文史蹟調查登錄與研究事項
      。
  三、關於本國家公園區域內瀕臨滅絕及稀有之野生動物、植物復育計劃
      執行事項。
  四、關於本國家公園區域內森林之保育計劃研擬與實施事項。
  五、關於本國家公園區域內自然景觀及人文史蹟之保護計劃研擬與實施
      事項。
  六、關於本國家公園區域內保育觀測研究站之管理事項。
  七、關於本處圖書期刊資料之建立管理事項。
  八、其他有關保育研究事項。