醫事處分設六科，各科掌理事項如下：
  一、第一科：
    （一）關於醫療制度規劃事項。
    （二）關於醫療法、醫事人員相關法令研擬、修正及解釋事項。
    （三）關於醫事人員執業之管理輔導及繼續教育督導事項。
    （四）關於醫療糾紛鑑定行政事項。
    （五）關於醫學倫理相關事項。
    （六）關於醫師懲戒相關事項。
    （七）不屬其他各科掌理之醫事管理相關事項。
  二、第二科：
    （一）關於醫院設立或擴充審議事項。
    （二）關於醫療品質及病人安全之督導及管理事項。
    （三）關於醫院評鑑、教學醫院評鑑之規劃及執行事項。
    （四）關於公立醫院經營管理之督導及輔導事項。
    （五）關於公、私立醫療機構業務輔導事項。
    （六）關於醫療財團法人管理及醫療業務輔導事項。
    （七）其他有關醫療法人管理輔導事項。
  三、第三科：
    （一）關於緊急醫療救護網規劃及區域輔導事項。
    （二）關於救護技術員之訓練及考核事項。
    （三）關於救護車管理之督導事項。
    （四）關於醫院急診品質及緊急應變輔導事項。
    （五）關於毒藥物防治諮詢規劃事項。
    （六）關於急救教育宣導及訓練規劃事項。
    （七）關於災害防救及衛生動員之配合辦理事項。
    （八）關於醫事檢驗、放射機構之督導及管理事項。
    （九）關於替代役人力規劃及管理事項。
    （十）關於災難醫療之督導及管理事項。
    （十一）關於衛生機關對化學、輻射、天然災害等緊急醫療救護體系
            之規劃、督導及管理事項。
    （十二）其他有關緊急醫療相關事項。
  四、第四科：
    （一）關於精神醫療機構、精神復健機構規劃、督導及評鑑事項。
    （二）關於精神疾病嚴重病人強制就醫體系之規劃、督導及醫療費用
          補助事項。
    （三）關於藥癮戒治相關事項。
    （四）關於社區心理衛生工作推動及民眾教育宣導事項。
    （五）其他有關精神衛生法規相關事項。
  五、第五科：
    （一）關於醫事人力之規劃、控制及協調事項。
    （二）關於一般醫學訓練制度之規劃及推動事項。
    （三）關於醫事人員證書核發事項。
    （四）關於專科醫師制度之規劃及執行事項。
    （五）關於促進醫療服務業發展相關辦法之研議事項。
    （六）關於衛生財團法人許可及監督事項。
    （七）關於醫療發展基金管理審核及運用事項。
    （八）關於醫事團體目的事業之監督、輔導事項。
    （九）關於醫事人員之表揚及醫事團體獎勵補助事項。
    （十）關於醫學系公費生分發、補助事項。
    （十一）關於醫療廢棄物輔導事項。
  六、第六科：
    （一）關於人體試驗之督導及管理事項。
    （二）關於人體試驗倫理之促進事項。
    （三）關於生醫科技法規研擬、修正及解釋事項。
    （四）關於生醫科技之管理及督導事項。
    （五）關於人體器官移植之策劃及督導事項。
    （六）關於人體器官移植之宣導事項。
    （七）關於昂貴、危險性醫療儀器之審查及評估事項。
    （八）關於特定醫療技術檢查、檢驗、醫療儀器施行或使用之管理事
          項。
    （九）關於捐血機構管理輔導事項。
    （十）關於國血國用政策辦理事項。
    （十一）關於牙醫醫療事業輔導事項。
    （十二）其他有關生醫科技相關事項。