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61.
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(修正)
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投設人工魚礁或其他漁業設施許可管理辦法 (113.07.01)
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62.
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(修正)
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預鑄式建築物污水處理設施管理辦法 (098.09.17)
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63.
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(修正)
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海洋污染防治費收費辦法 (113.02.17)
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64.
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(訂定)
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事業或污水下水道系統排放廢（污）水緊急應變辦法 (094.08.26)
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65.
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(修正)
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水污染防治費費率審議委員會設置辦法 (112.11.22)
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66.
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(訂定)
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環境用藥微生物製劑使用於生態及水源保育或保護區運作管理辦法 (095.06.29)
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67.
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(修正)
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事業及污水下水道系統水污染防治費收費辦法 (114.03.31)
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68.
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(修正)
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水污染防治措施及檢測申報管理辦法 (114.01.20)
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69.
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(修正)
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水污染防治措施計畫及許可申請審查管理辦法 (113.01.11)
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70.
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(訂定)
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土壤及地下水污染整治基金補助研究及模場試驗專案作業辦法 (101.10.22)
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71.
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(訂定)
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土壤及地下水污染場址初步評估暨處理等級評定辦法 (102.04.24)
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72.
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(修正)
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土壤及地下水污染整治場址環境影響與健康風險評估辦法 (105.04.28)
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73.
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(訂定)
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水污染防治費中央與地方分配辦法 (103.10.31)
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74.
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(訂定)
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違反水污染防治法義務所得利益核算及推估辦法 (104.10.07)
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75.
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(修正)
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廢（污）水處理專責單位或人員設置及管理辦法 (110.02.05)
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76.
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(修正)
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放流水標準 (113.12.18)
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77.
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(修正)
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地面水體分類及水質標準 (106.09.13)
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78.
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(修正)
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水污染防治各項許可申請收費標準 (107.12.22)
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79.
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(修正)
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海洋放流管線放流水標準 (106.10.20)
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80.
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(修正)
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土壤處理標準 (095.10.16)
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81.
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(修正)
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地下水污染管制標準 (102.12.18) 
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82.
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(修正)
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土壤污染管制標準 (100.01.31)
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83.
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(修正)
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地下水污染監測標準 (102.12.18)
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84.
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(廢止)
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石油化學業放流水標準 (106.12.25)
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85.
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(廢止)
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石油化學專業區污水下水道系統放流水標準 (106.12.25)
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86.
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(廢止)
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晶圓製造及半導體製造業放流水標準 (106.12.25)
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87.
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(廢止)
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光電材料及元件製造業放流水標準 (106.12.25)
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88.
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(廢止)
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科學工業園區污水下水道系統放流水標準 (106.12.25)
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89.
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(廢止)
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化工業放流水標準 (106.12.25)
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90.
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(訂定)
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苗栗縣通霄溪水區及水體分類標準 (105.12.29)
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