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61.
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(訂定)
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臺灣地區漁船航行至大陸地區許可及管理辦法 (099.03.19)
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62.
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(修正)
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空難海難陸上交通事故受災地區交通搶通或公共設施重建簡化行政程序辦法 (111.11.16)
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63.
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(訂定)
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國際機場園區內自由港區事業僱用原住民獎勵辦法 (099.05.27) 
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64.
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(訂定)
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遊艇入出境關務檢疫安全檢查程序辦法 (100.10.06)
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65.
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(訂定)
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中華民國籍船舶於受海盜或非法武力威脅高風險海域僱用私人武裝保全人
員辦法 (103.03.03)
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66.
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(修正)
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指定船舶運送業經營特定航線客貨運送補償及監督辦法 (109.07.03)
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67.
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(訂定)
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交通部主管事業機構成立關係企業僱用身心障礙者輔導及獎勵辦法 (103.05.16)
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68.
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(修正)
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船舶運送業投保營運人責任保險及旅客傷害保險辦法 (107.08.30)
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69.
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(修正)
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船舶運送業個人資料檔案安全維護計畫及處理辦法 (111.04.21)
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70.
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(修正)
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國際航權分配及包機審查綱要 (113.03.28)
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71.
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(修正)
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航行船舶船員最低安全配置標準 (111.11.10)
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72.
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(修正)
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船員薪資岸薪及加班費最低標準 (112.02.24)
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73.
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(修正)
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船上法令規章必要藥品及醫療設備備置標準 (104.08.06)
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74.
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(修正)
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未滿十八歲及女性船員從事危險性或有害性工作認定標準 (110.12.27)
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75.
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(修正)
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船員申請許可核發證照收費標準 (107.07.23)
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76.
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(修正)
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境外航運中心關務作業要點 (094.02.05)
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77.
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(修正)
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交通部基隆港務局各類型工作船、交通船、公務船多次進出港預報單簽證作業要點 (090.08.27)
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78.
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(修正)
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表揚績優船舶運送業實施要點 (108.08.26)
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79.
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(訂定)
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鋁合金客船管理要點 (100.02.14)
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80.
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(修正)
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引水人督導考核作業要點 (108.02.19)
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81.
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(修正)
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船舶運送業及載客小船經營業油價補貼作業執行要點 (104.03.16)
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82.
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(訂定)
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交通部航港局補助財團法人台灣海峽兩岸航運協會作業要點 (104.12.21)
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83.
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(訂定)
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交通部航港局航海人員測驗命題及題庫管理要點 (105.07.14)
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84.
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(修正)
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交通部航港局補助海運團體推動國際海運組織活動作業要點 (109.04.14)
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85.
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(修正)
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經營離島兩岸通航港口與大陸地區港口間之客運固定航線審查作業要點 (108.05.29)
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86.
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(修正)
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船舶運送業及船務代理業僱用國籍船員選拔及表揚實施要點 (109.09.24)
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87.
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(訂定)
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交通部航港局蘇花藍色公路寒暑假試辦計畫補助要點 (108.06.24)
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88.
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(廢止)
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交通部航港局新闢臺中澎湖海運客運航線獎勵補助要點 (110.07.27)
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89.
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(訂定)
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交通部航港局澎湖縣無籍船輔導取得自用遊艇證書專案補助作業要點 (108.10.30)
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90.
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(修正)
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海運特定人員尿液採驗作業要點 (110.12.16)
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