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1.
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(修正)
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公立特殊醫療院局所傳染病防治費支給表 (100.12.29)
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2.
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(訂定)
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因應嚴重特殊傳染性肺炎學校對陸生管理計畫工作指引 (109.01.26)
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3.
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(修正)
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「COVID-19（武漢肺炎）」因應指引：公眾集會 (109.04.22)
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4.
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(訂定)
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COVID-19（武漢肺炎）病人住院分艙及雙向轉診建議 (109.04.08)
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5.
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(訂定)
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「嚴重特殊傳染性肺炎（武漢肺炎）」因應指引：社區管理維護 (109.03.05)
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6.
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(訂定)
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因應COVID-19（武漢肺炎）基層診所感染管制措施指引 (109.03.16)
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7.
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(訂定)
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疑似或確診COVID-19（武漢肺炎）病人手術感染管制措施指引 (109.03.21)
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8.
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(訂定)
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醫療院所因應COVID-19（武漢肺炎）分流就醫及轉診建議 (109.03.12)
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9.
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(訂定)
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因應嚴重特殊傳染性肺炎（COVID-19）疫情之船舶靠泊防疫措施與船員健康監測指引 (109.05.07)
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10.
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(訂定)
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醫院因應院內發生COVID-19（武漢肺炎）群聚事件之營運管制措施建議 (109.05.05)
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11.
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(訂定)
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COVID-19確診個案居家照護管理指引（簡明版） (111.04.08)
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12.
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(停止適用)
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托嬰中心因應COVID-19防疫管理指引 (112.05.04)
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13.
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(停止適用)
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各機關（構）及事業單位因應COVID-19疫情之應變處置建議 (111.10.31)
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14.
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(修正)
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傳染病防治法 (112.06.28)
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15.
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(訂定)
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生物製劑檢驗基準附錄ＰＨ值測定法 (069.07.07)
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16.
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(修正)
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人類免疫缺乏病毒傳染防治及感染者權益保障條例 (110.01.20)
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17.
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(廢止)
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嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例 (112.07.03)
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18.
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(修正)
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港埠檢疫規則 (106.10.17)
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19.
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(修正)
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傳染病防治法施行細則 (105.07.06)
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20.
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(修正)
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指定徵用設立檢疫隔離場所及徵調相關人員作業程序與補償辦法 (103.01.21) 
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21.
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(修正)
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處置傳染病媒介物補償辦法 (096.10.18)
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22.
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(修正)
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傳染病防治獎勵辦法 (111.05.27)
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23.
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(修正)
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傳染病防治醫療網作業辦法 (110.12.21)
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24.
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(修正)
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港埠檢疫費用徵收辦法 (106.07.27)
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25.
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(修正)
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傳染病流行疫情監視及預警系統實施辦法 (111.10.05)
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26.
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(修正)
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傳染病危險群及特定對象檢查辦法 (096.10.19)
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27.
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(修正)
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預防接種作業與兒童預防接種紀錄檢查及補行接種辦法 (112.03.27)
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28.
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(修正)
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預防接種受害救濟基金徵收及審議辦法 (112.12.29)
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29.
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(修正)
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傳染病防治財物徵用徵調作業程序及補償辦法 (097.01.22)
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30.
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(修正)
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受聘僱外國人入國後健康檢查醫院指定與管理辦法 (104.12.24)
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