證券商及保管機構辦理結帳及確認作業程序如下：
一、證券商於傳送資料完畢，操作「買賣交割資料傳送結帳／確認」交易
    （交易代號B06，作業類別0：法人對帳交割資料結帳／確認），通知
    保管機構傳送完成。
二、保管機構操作「買賣交割資料傳送結帳／確認狀況查詢」交易（交易
    代號B07），查詢與其往來證券商有成交資料傳送結帳狀況。
三、保管機構得採下列方式之一辦理證券商買賣交割資料之確認作業：
    （一）採整批對帳確認者，操作「買賣交割資料傳送結帳／確認」交
          易（交易代號B06，作業類別0：法人對帳交割資料結帳／確認
          ），通知其已完成證券商交割資料之對帳確認。
    （二）採逐筆或保管機構帳號別對帳確認者，操作「買賣交割資料傳
          送結帳／確認」交易（交易代號B06，作業類別4：交割資料逐
          筆／帳號別確認），通知其對證券商交割資料將採逐筆或帳號
          別對帳確認後，依下列作業程序辦理：
          1.採逐筆對帳確認者，操作「保管機構交易確認暨賣出交割通
            知／媒體傳檔」交易（交易代號 K16/K16S，作業類別1：新
            增交割通知資料），通知其對證券商交割資料已確認或未確
            認狀況及未確認之原因。原輸入狀況為已確認者如需調整時
            ，應操作同一交易之作業類別 2：刪除交割通知資料，刪除
            原對帳確認後，再重行操作同一交易之作業類別 1：新增交
            割通知資料。原輸入狀況為未確認者，如需調整時，應操作
            同一交易之作業類別1：新增交割通知資料。
          2.採保管機構帳號別對帳確認者，操作「保管機構依帳號辦理
            買賣交割資料確認通知／媒體傳檔」交易（交易代號K81/K8
             1S，作業類別1：新增），通知其對證券商交割資料已確認
            。原輸入狀況為已確認者如需調整時，應操作同一交易之作
            業類別 2：刪除，刪除原對帳確認後，再重行操作同一交易
            之作業類別1：新增。
          3.保管機構及證券商得操作「保管機構逐筆／帳號別確認通知
            查詢」交易（交易代號 K17），查詢保管機構相關交易資料
            確認情形。