直轄市、縣（市）主管機關核定用地計畫，應以書面載明回饋金應繳數額
，並發給特定工廠使用地證明書，通知申請人向直轄市、縣（市）地政主
管機關申辦使用地變更編定。
用地計畫應繳交之回饋金按申請用地變更使用總面積，依用地計畫核定當
期公告現值百分之五十計算。但用地計畫核定範圍內，曾依森林法相關法
規繳交回饋金者，就已繳交之山坡地開發利用回饋金數額得予扣除。直轄
市、縣（市）主管機關收繳之回饋金，應撥交予農業發展條例第五十四條
第一項規定設置之農業發展基金。
申請人應繳交之回饋金應於辦理使用地變更編定異動登記前全數繳交，或
於辦理工廠登記前分期繳交，其分期繳交規定如下：
一、第一期：使用地變更編定異動登記前繳交應繳金額之四分之一。
二、第二期：用地計畫或開發許可核定後一年內繳交應繳金額之四分之一
    。
三、第三期：用地計畫或開發許可核定後二年內繳交應繳金額之四分之一
    。
四、第四期：辦理工廠登記前全數繳交完畢。
回饋金採分期繳交者，直轄市、縣（市）主管機關應於核定用地計畫時附
加附款，載明申請人應依前項規定分期繳交回饋金，不受管制規則第二十
六條及第二十九條限制；於第二期繳交期限前未完成使用地變更編定異動
登記者，應依直轄市、縣（市）主管機關通知繳交全部回饋金；於辦理工
廠登記前，有土地所有權移轉情事，應於辦理土地所有權移轉登記前繳清
。
依第三項分期繳交回饋金時，申請人應以用地計畫申請範圍內全部土地作
為擔保，如申請人非土地所有權人，應併取得土地所有權人同意，向土地
所在地地政事務所辦理抵押權設定登記予直轄市、縣（市），經登記完畢
，檢具土地登記謄本向直轄市、縣（市）主管機關申請繳交第一期回饋金
。
回饋金採分期繳交者，應依下列規定辦理：
一、直轄市、縣（市）主管機關核定用地計畫時，依相關規定將第四項用
    地計畫核定之附款事項，登錄於地政機關之土地參考資訊檔，並定期
    查核土地所有權登記情形。
二、直轄市、縣（市）主管機關通知申請人繳交第二期及第三期回饋金之
    應辦事項如下：
    （一）於第二期應繳期限三十日前，查核使用地變更編定異動登記情
          形，其已完成異動登記者，通知申請人於期限前繳交當期回饋
          金；尚未完成異動登記者，應通知申請人於辦理使用地變更編
          定異動登記前繳交全部回饋金，不適用第三項各款分期繳交之
          規定。
    （二）於第三期應繳期限三十日前，通知申請人於期限前繳交當期回
          饋金。
三、依前項規定經設定抵押權登記之土地，如於回饋金全數繳交完畢前申
    請所有權移轉登記時，應依下列規定辦理：
    （一）土地所在地地政事務所受理土地所有權移轉登記案件時，同時
          通知直轄市、縣（市）主管機關。
    （二）直轄市、縣（市）主管機關接獲前目通知，應通知申請人於十
          五日內將回饋金全數繳交完畢，並副知土地原所有權人及繼受
          人。
四、申請人未依第三項或第二款第一目規定繳交回饋金，或有前款情形經
    限期繳交仍未依規定繳交者，直轄市、縣（市）主管機關應廢止用地
    計畫之核定，註銷特定工廠使用地證明書，將土地恢復原編定，已繳
    交之回饋金不予退還。但土地所有權係移轉予原申請人或因繼承而移
    轉土地所有權，不在此限。
五、有前款本文情形，直轄市、縣（市）主管機關依前款規定將土地恢復
    原編定後，應依相關規定程序檢具更新資料，送請土地所在地地政事
    務所辦理土地參考資訊檔更新，並通知申請人申請抵押權塗銷同意書
    ，向土地所在地地政事務所申請抵押權塗銷登記。
六、申請人於回饋金未全數繳交完畢前申請工廠登記者，直轄市、縣（市
    ）主管機關於審查前應通知申請人於十五日內將回饋金全數繳交完畢
    ，申請人逾期未繳清者，應駁回其工廠登記申請。
申請人依第三項或前項第二款第一目規定將回饋金全數繳交完畢後，應向
直轄市、縣（市）主管機關申請刪除土地參考資訊檔參考事項內容，由直
轄市、縣（市）主管機關依相關規定程序檢具更新資料，送土地所在地地
政事務所辦理更新；並申請抵押權塗銷同意書，據以向土地所在地地政事
務所申請抵押權塗銷登記。

一、直轄市、縣（市）主管機關於核定用地計畫時，應計算申請人須繳交
    之回饋金數額，於核定處分時載明並通知申請人向地政主管機關申辦
    變更編定，爰為第一項規定。
二、第二項回饋金之計算方式及撥交機制說明如下：
    （一）依本法第二十八條之十第二項規定繳交之回饋金，應撥交至農
          業發展基金專戶。應繳交之回饋金數額依申請用地變更使用總
          面積當期公告現值百分之五十計算，以新臺幣計算至元為止，
          所稱當期公告土地現值，指用地計畫核定函發文日當時之公告
          土地現值。
    （二）申請案件屬山坡地範圍且曾依森林法第四十八條之一第二項規
          定繳交山坡地開發利用回饋金者，基於對同一土地不重複核課
          相當回饋性質之金錢或代金之原則，依本辦法計算回饋金時，
          申請人得檢附山坡地開發利用許可文件及原繳交山坡地開發利
          用回饋金之繳款憑證收執聯影本，就用地計畫核定範圍內土地
          ，向主管機關申請先行扣除已繳交之山坡地開發利用回饋金數
          額，再行計算應繳交之回饋金。
三、依管制規則第二十六條及二十九條規定，申請人應先行繳交回饋金後
    ，直轄市或縣（市）政府始函請土地登記機關辦理土地使用分區及使
    用地變更編定異動登記。但為提高特定工廠申請合法化之意願，減輕
    申請人一次繳交回饋金時負擔，回饋金除採取於土地使用分區或使用
    地變更編定異動登記前一次繳清之方式外，亦得由申請人按各期期別
    及繳交比例分期繳交回饋金，並於工廠登記前繳清；有關土地面積達
    二公頃以上未達五公頃，已達使用分區變更規模者，第二期及第三期
    回饋金繳交時程自開發許可核定日起算，爰為第三項規定。
四、第四項規定直轄市、縣（市）主管機關應於核定用地計畫時附加附款
    ，載明申請人分期繳交回饋金之情形，說明如下：
    （一）回饋金採分期繳交者，排除管制規則第二十六條應於辦理土地
          使用分區及使用地變更編定異動登記前及第二十九條應於核准
          變更編定前繳交全部回饋金之規定。
    （二）申請人於第二期繳交期限前未完成使用地變更編定異動登記者
          ，應依直轄市、縣（市）主管機關通知，於使用地變更編定異
          動登記前繳清全部回饋金，以督促申請人儘早完成使用地變更
          編定異動登記。
    （三）用地計畫核定後至辦理工廠登記期間，如有土地移轉情事，申
          請人應於辦理土地所有權移轉登記前將回饋金全數繳交完畢。
五、回饋金採分期繳交者，為加強公示效果並保護善意第三人，避免土地
    交易糾紛，且便於直轄市、縣（市）主管機關管制，應由申請範圍內
    全部土地之所有權人、申請人與當地直轄市、縣（市）政府簽訂抵押
    權設定契約書，由土地所有權人或指定代理人檢附土地登記申請書、
    抵押權設定契約書及有關文件，向土地所在地地政事務所辦理抵押權
    設定登記，並於完成後，申請人應檢具經抵押權設定登記完畢之土地
    登記謄本，向直轄市、縣（市）主管機關申請繳交第一期回饋金，爰
    為第五項規定。
六、第六項規定回饋金採分期繳交之情形時，直轄市、縣（市）主管機關
    應辦理之程序及規定，說明如下：
    （一）用地計畫核定處分載明回饋金採分期繳交者，直轄市、縣（市
          ）主管機關應於核定時，依參考檔要點第四點及第五點規定，
          將用地計畫附款事項申請登錄於地政機關之土地參考資訊檔，
          參考事項類別代碼為「D9土地變更回饋金尚未繳交完畢」，使
          資訊較為明確，以利土地買賣之善意第三人得查知回饋金分期
          繳納之相關管制事項。且應於用地計畫核定後，定期查核土地
          所有權登記情形，並建立清冊追蹤列管，爰於第一款規定之。
    （二）第二款規定係因第二期及第三期回饋金以用地計畫或開發許可
          核定日起算一定期間作為繳交期限。申請人應負自我控管回饋
          金符合應繳交期限之義務，但直轄市、縣（市）主管機關仍應
          通知申請人繳交，爰訂定通知及繳交期限之規定。如屆第二期
          回饋金繳交期限，申請人仍未完成使用地變更編定異動登記時
          ，申請人即不得適用本條規定之回饋金分期繳交機制。直轄市
          、縣（市）主管機關應通知申請人於辦理使用地變更編定異動
          登記前繳清全部回饋金，始得辦理使用地變更編定異動登記，
          以督促申請人儘早辦理使用地變更編定異動登記。
    （三）第三款規定，為減輕申請人一次繳交回饋金時負擔，允許申請
          人採分期繳納回饋金，惟為利於直轄市、縣（市）主管機關達
          到實質管制效果，爰規定土地所在地地政事務所於受理土地所
          有權移轉登記案件時，經查核申請案件土地登記謄本他項權利
          部權利人登載為直轄市、縣（市）及具有土地參考資訊檔登錄
          為「D9土地變更回饋金尚未繳交完畢」之事項時，應同時通知
          直轄市、縣（市）主管機關。直轄市、縣（市）主管機關接獲
          通知後，確認申請人回饋金是否已全數繳交完畢，其尚未繳清
          者，應通知申請人限期補繳事宜並副知土地原所有權人及繼受
          人知悉之規範。
    （四）第四款規定說明如下：
          1.申請人如違反分期繳交規定情形，例如：未依第三項或本項
            第二款第一目規定期限繳交回饋金，或有回饋金未全數繳交
            完畢而辦理土地所有權移轉予申請人以外之第三人者，直轄
            市、縣（市）主管機關應通知申請人於期限前補繳，屆期未
            依規定繳交者，應廢止用地計畫之核定、註銷核發之特定工
            廠使用地證明書及將土地恢復原編定；因該農地已實質非作
            農業使用，就申請人已繳交之回饋金，農業主管機關不予退
            還。另原核定用地計畫之授益處分已不存在且應將土地回復
            原編定，故剩餘之回饋金無須繳交。
          2.特定工廠之廠地變更編定為特定目的事業用地後，若欲將原
            自然人所有之土地所有權移轉予申請人，考量未變更事業主
            體且便於主管機關管制，得不受土地所有權移轉登記前需將
            回饋金全數繳交完畢之規定限制；另因繼承而移轉土地所有
            權亦同，爰訂定但書。
    （五）第五款規定，用地計畫核定經主管機關廢止、註銷特定工廠使
          用地證明書且土地回復原編定後，已無須藉由土地參考資訊檔
          以及抵押權設定登記進行管制，爰應分別由直轄市、縣（市）
          主管機關依參考檔要點第六點規定程序辦理土地參考資訊檔更
          新並通知申請人、土地所有權人辦理抵押權塗銷登記。
    （六）第六款規定申請人如未將回饋金全數繳交完畢而申請工廠登記
          者，直轄市、縣（市）主管機關應限期繳交，逾期仍未繳交時
          應予駁回工廠登記申請。
七、第七項規定，回饋金經全數繳交完畢後，由申請人向直轄市、縣（市
    ）主管機關申請刪除土地參考資訊檔參考事項內容，由直轄市、縣（
    市）主管機關依參考檔要點第六點規定程序檢具更新資料，送土地所
    在地地政事務所辦理更新，並由土地所有權人或指定代理人檢具土地
    登記申請書、抵押權塗銷同意書或證明文件及有關文件，向土地所在
    地地政事務所申請抵押權塗銷登記。