綜合規劃科掌理研發管考及各稅審查案件之複核等事宜。分設五股，各
  股之職掌如下：
  一、研究發展股：
    （一）本局業務方針、年度及中長程施政計畫之研訂與彙編。
    （二）各單位管理目標之編擬。
    （三）各單位人力配置方案之研擬。
    （四）各稅稽徵程序、稽徵技術及相關業務等工作簡化及研究發展之
          推行與彙辦。
    （五）參與暨建議制度之推動。
    （六）本局網際網路資訊服務站之規劃。
    （七）各項稽徵作業之協調及聯繫。
    （八）重要會議之籌辦及記錄。
    （九）各項稅源及稅收統計之分析與研究。
    （十）開拓稅源防止逃漏研議工作之聯繫及彙辦。
    （十一）本局出版品及圖書資料庫之管理。
  二、管制考核股：
    （一）財政部及本局稽徵業務考核相關作業。
    （二）稅務獎勵金核發相關事項。
    （三）重要業務及交辦案件之管制。
    （四）財政年報及工作報告之編擬。
    （五）業務作業手冊及查核技術手冊之增、修訂與維護。
    （六）審計部通知處理事項之列管及彙辦。
    （七）公文檢核相關作業。
    （八）公文處理作業手冊及定型函稿之增修訂與維護。
    （九）行事曆之編修訂及管制作業。
    （十）公務分層負責明細表之增、修訂及維護。
    （十一）各項業務資料冊籍保管年限表增、修訂。
    （十二）公文之收發及管制。
    （十三）其他管考及行政事項之處理。
  三、稽核第一至第三股：
    （一）營利事業所得稅結、清決算等申報案件審查報告之複核。
    （二）綜合所得稅執行業務所得（含其他所得）案件審查報告之複核
          。
    （三）遺產稅、贈與稅申報案件審查報告之複核。
    （四）營業稅各類別案件審查報告之複核。
    （五）遺產稅、贈與稅櫃台化案件之抽核。
    （六）外僑綜合所得稅案件之抽核。
    （七）貨物稅、菸酒稅案件之抽核。
    （八）特種貨物及勞務稅案件之抽核。
    （九）營業稅各類別清冊、選查案件之抽核。
    （十）審計部抽查案件之複核。
    （十一）上級交辦應行複核案件之查核。
    （十二）其他（含各稅目管制流程）專案稽核業務。
    （十三）選查案件之派查、稽催、管制及工作底稿、帳簿憑證之檢收
            及發還。
    （十四）遺產稅、贈與稅免稅證明書及逾核課期間同意移轉證明書、
            不計入遺產、贈與總額證明書（免稅）之核發。
    （十五）其他交辦事項。