資訊室掌理資料處理事項。分設三股，各股之職掌如左：
  一、第一股：
    （一）貨物通關自動化相關作業事項之推動與執行。
    （二）海空運進、出口、轉運（口）貨物通關系統電腦作業之輔導與
          執行。
    （三）貨櫃追蹤查核系統電腦作業之輔導與執行。
    （四）其他有關本局電腦作業之輔導。
    （五）一般行政及庶務管理事項。
  二、第二股：
    （一）局區性作業系統計畫方案之擬訂。
    （二）系統設計與程式撰寫。
    （三）作業系統之檔案更新與維護。
    （四）其他有關自行開發系統交辦事項。
  三、第三股：
    （一）電腦及其相關設備之操作、管制及運用。
    （二）各系統檔案之運用與管制。
    （三）電腦機房環境與機器設備之管理維護。
    （四）電腦作業材料之管制。
    （五）電腦機器時效及檔案狀態之報告。
    （六）端末機及印表機等設備之調配管制。
    （七）電腦相關設備租購事宜。
    （八）電腦資料之輸入、印表。
    （九）其他有關電腦網路系統及其相關設備之規劃與管理事項。