稽查組掌理港區船舶抄查、船邊貨櫃抽核、通商口岸（包括港區、錨地
  及其臨近水域）巡邏查緝、關艇之指揮管理暨無線電監理業務等事宜。
  分設四課、十四股，各課、股之職掌如左：
  一、巡緝課掌理通商口岸（包括港區、錨地及其臨近水域）巡緝業務。
      分設六股，各股之職掌如左：
    （一）辦理轄區內巡邏、監視、駐船等查緝事項。
    （二）監控轄區內船隻動態及其上、下船人員所攜帶物品之查核。
    （三）船隻裝卸貨物之抽核。
    （四）船舶機件送修及機具進出港區之檢查。
    （五）卸駁貨物之加封。
    （六）「供應船舶日用品申報表」之驗對。
    （七）其他交辦之任務。
  二、檢查課掌理船舶抄查及船邊卸岸貨櫃抽核等事項。分設四股辦事：
    （一）檢查一至三股：
          1.進出口船舶之抄查。
          2.船邊卸岸貨櫃抽核。
          3.繕製緝私報告、偵訊筆錄、點交私貨。
          4.其他臨時交派之查緝任務。
    （二）檢查四股：
          1.海運入出境旅客行李之檢查、稅放及處理。
          2.調岸船員行李之押運、檢查、稅放及處理。
          3.船員回航攜帶自用行李物品之押運、點驗處理及驗（稅）放
            。
          4.查扣及退關物品之處理。
          5.逾期不退運、不繳稅應稅物品及放棄物品之處理。
          6.一般行政管理事項。
  三、督察課掌理船舶進口理船、出口結關艙單申報及船用物品船邊驗放
      等事項。分設四股辦事：
    （一）督察一股：
          1.進口船舶理船。
          2.進港船舶動態之掌握。
    （二）督察二股：
          1.船舶結關單證之審核、艙單鍵輸費、助航服務費之徵收及結
            關證之簽發。
          2.出境旅客、船機服務人員攜帶已稅物品出口登記表之簽發。
          3.出口貨物退關註銷報告單之建檔。
          4.出口艙單之核銷。
    （三）督察三股：
          1.受理船隻掛號。
          2.艙單建檔、更正及處理。
          3.轉運申請書核銷及處理。
          4.受理進口貨物短溢卸報告之核備。
          5.實到貨物與艙單申報不符案件通報單之處理。
          6.逾期不報關處理紀錄之繕具及移送。
          7.各種准單之核發及規費證之稽銷。
    （四）督察四股：
          1.船舶用品之船邊驗放。
          2.進出口貨物與保稅貨物之押運與監視加封。
          3.保稅運貨工具之勘察。
          4.受理船上加封司多物品之發放。
          5.關產之管理與維護。
  四、海務課掌理通商口岸（包括港區、錨地及其臨近水域）巡邏查緝、
      關艇之指揮管理暨無線電監理業務，職掌如左：
    （一）通商口岸（包括港區、錨地及其臨近水域）巡邏查緝及港區工
          作船臨檢等事項。
    （二）關艇及其人員（含技工）之管理。
    （三）關艇歲（維）修及驗證事項之辦理。
    （四）本局無線電（話）台設備之監理及器材管理修護事項。
    （五）密碼（語）電務事項。
    （六）查緝指揮情資傳遞。
    （七）一般行政管理事項。