業務二組掌理事項如下：
一、保稅貨物與新竹科學園區進出園區貨物及郵遞貨物之通關。
二、報單審核及報單副本之核發。
三、報關業、運輸業、承攬業及貨棧業之設立、變更登記及管理。
四、保稅工廠、保稅倉庫、物流中心、免稅商店設立、變更登記之處理。
五、保稅工廠、保稅倉庫、物流中心、免稅商店、自由貿易港區與科學園
    區事業之監管、貨物查核及帳冊管理。
六、優質企業之認證、驗證及管理。
七、侵害智慧財產權案件之處理。
八、違章及行政救濟案件之處理。
九、其他有關保稅及新竹科學園區通關事項。

一、配合科學工業園區設置管理條例於一百零七年六月六日修正公布施行
    ，名稱修正為科學園區設置管理條例，業將「科學工業園區」之「工
    業」二字刪除，爰將第一款、第五款及第九款酌作文字修正。
二、其餘各款未修正。