會計室分設二科，各科掌理事項如下：
  一、第一科：（預算、審核科）
    （一）本局歲入、出預（概）算之編審事項。
    （二）本局預算對外、對內重要報告之撰擬、彙整事項。
    （三）本局動支第一、第二預備金之申請事項。
    （四）本局分配預算之編審及修改事項。
    （五）辦理本局歲出保留申請事項。
    （六）辦理本局經費流用及歲出保留審核等事項。
    （七）本局歲出預算之動支、簽證及查核事項。
    （八）本局支出憑證之審核事項。
    （九）本局發生預算負擔之契約審核事項。
    （十）補助或委託本局辦理各項計畫費用之審核事項。
    （十一）本局辦理政府採購招標、比價、議價及驗收之監辦事項。
    （十二）本局暫付款之清理事項。
    （十三）本局對外補助、委辦款項之就地查核。
    （十四）非營業基金預算、決算、收支、會計報告及其審核、編製事
            項。
    （十五）其他與非營業基金有關之會計作業事項。
    （十六）本局會計人員任免、陞遷調、考核、獎懲案件之擬辦事項。
    （十七）其他與會計審核有關之業務。
  二、第二科：（帳務、統計科）
    （一）本局歲入、出決算之編審事項。
    （二）本局決算對外、對內重要報告之撰擬、彙整事項。
    （三）本局歲入預算之審核。
    （四）本局歲入預算之編製傳票、憑單等會計事項。
    （五）本局支出憑證之編製傳票、憑單等會計事項。
    （六）本局會計憑證送審事項。
    （七）本局收支憑證、傳票整理及保管事項。
    （八）本局（含分局）現金、票據及公庫等之查核事項。
    （九）本局（含分局）公務財產帳務及查核事項。
    （十）本局會計報告之編審事項。
    （十一）本局會計帳簿列印等事項。
    （十二）本局新增業務、會計法規、制度之研擬與建置。
    （十三）本局公務統計業務事項。
    （十四）其他有關會計帳務作業事項。