疾病監測組分設三科，各科掌理事項如下：
  一、第一科：（定點監視科）
    （一）傳染病學校監測通報系統開發、維護及分析整理事項。
    （二）傳染病定點醫師監測系統開發、維護及分析整理事項。
    （三）傳染病實驗室檢驗監測系統開發、維護及分析整理事項。
    （四）傳染病人口密集機構監測通報系統開發、維護及分析整理事項
          。
    （五）傳染病定點監視相關系統之研發與評估。
    （六）其他有關傳染病監測通報、資料蒐集事項。
    （七）編輯與發行「定醫監視週報」、「學校監視週報」。
  二、第二科：（法定傳染病監視科）
    （一）法定傳染病監測通報系統之開發、維護管理及分析整理事項。
    （二）症候群監測通報系統之開發、維護管理及分析整理事項。
    （三）主動監測通報系統之開發、維護管理及分析整理事項。
    （四）傳染病疫情地理資訊系統之開發、維護管理及分析整理事項。
    （五）傳染病田野疫調系統之開發、維護管理及分析整理事項。
    （六）傳染病疫情看板及即時系統之開發、維護管理及分析整理事項
          。
    （七）協助急診室監測系統之開發、維護管理及分析整理事項。
    （八）協助疫情指揮中心之規劃與系統開發、維護管理及分析整理事
          項。
    （九）傳染病非定點監視相關系統之研發與評估。
    （十）疫情解析、研判、資料蒐集及其他有關法定傳染病監測事項。
  三、第三科：（國際疫情科）
    （一）國際疫情之蒐集、分析及整理事項。
    （二）傳染病統計暨監視年報之整理、彙編及印製事項。
    （三）疫情報導之整理、彙編及印製事項。
    （四）疫情通報及民眾諮詢服務中心之管理及維護事項。
    （五）無線電通訊之業務推廣及訓練事項。
    （六）疫情防治會議之召集及聯繫事項。
    （七）嚴重急性呼吸道症候群病例審查事項。
    （八）其他有關國際疫情事項。