本處設下列各課、室，分別掌理下列事項：
  一、漁港工程課：漁港工程之規劃設計、發包、施工及設施興建、漁村
      建設、漁港計畫之管理等事項。
  二、漁業管理課：漁業輔導及管理、漁業權審核登記、漁業執照核發、
      漁船（員）管理（含大陸及外籍船員）等事項。
  三、漁業技術課：漁業資源之開發利用、海洋復育園區維護、水產種苗
      培育、水產品繁殖技術研發等事項。
  四、秘書室：文書、檔案管理、公文管理、事務、出納、採購、財產管
      理、法制、研考、資訊管理、公共關係、新聞發布，綜合業務及不
      屬於其他各課之事項。