水污染防治項目的用途如下：
一、地面水體污染整治。
二、飲用水水源水質保護區改善。
三、水污染總量管制區水質改善。
四、公共污水下水道系統主、次幹管之建設
五、污水處理廠及廢（污）水截流設施之建設。
六、水肥投入站及水肥處理廠之建設。
七、廢（污）水處理設施產生之污泥集中處理設施之建設。
八、水污染防治技術之研究發展、引進及策略之研發。
九、執行收費工作相關之必要支出及所需人員之聘僱。
十、其他有關水污染防治工作。