第三科掌理福建省政、金門縣議會、連江縣議會、金門縣政府、連江縣
  政府及其所屬機關；金門縣、連江縣各鄉（鎮）民代表會、鄉（鎮）公
  所及其所屬機關之財物  審計，辦理左列事項：
  一、關於監督所管機關重要採購案件預算之執行事項。
  二、關於所管機關採購之規劃、設計、招標、履約、驗收及其他相關作
      業之稽察事項。
  三、關於所管機關現金、票據、證券及其他一切財物之管理運用之調查
      事項。
  四、關於所管機關現金、票據、證券、財物或其他資產之遺失、毀損、
      報廢或其他意外事故而致損失者之審核事項。
  五、關於經管債券機關通知債券抽籤還本及銷毀案件之處理事項。
  六、關於所管機關財務效能之考核、財務責任之核定、財務上不法或不
      忠於職務之行為及其他專案之之調查事項。
  七、關於所管機關會計制度及內部審核有關採購規章之會商事項。
  八、關於其他依法律應行辦理之財物審計事項。
  九、關於縣議會、鄉（鎮）民代表會諮詢財物審計案件之擬復事項。
  十、關於所管機關函請解釋有關財物審計法令之擬辦事項。
  十一、關於本科工作計畫與工作報告之編製及其他屬於本科應辦事務之
        處理事項。
  十二、關於本科業務資料檔之建立保管與文書檔案事務之管理及統計資
        料之提供事項。