秘書室辦理左列事項：
  一、關於覆核文稿事項。
  二、關於重要文件之核閱提陳分配事項。
  三、關於機要文件之收發、撰擬、翻譯、繕校事項。
  四、關於審核會議、處務會報事務之辦理及決議案之分行事項。
  五、關於審計（核）會議、部（處）務會務、業務擴大會報所決定事項
      及長官指示事項執行之管制考核陳報事項。
  六、關於監察院委員每年巡察福建省政府、金門縣、連江縣政府各機關
      ，本處提供參考資料彙編事項。
  七、關於本處年度施政（工作）計畫與工作報告及中華民國年鑑審計部
      分稿件之彙編事項。
  八、關於本處各單位年度施政計畫工作項目執行進度及成果之管制考核
      彙報事項。
  九、關於本處審計業務之研究事項。
  十、關於本處內規之研擬、修訂、整理及會核事項。
  十一、關於本處電子處理資料作業之研究發展與輔導及機器與磁碟等之
        維護、管理事項。
  十二、關於審計實錄彙編事項。
  十三、關於新聞剪報及本處對外新聞聯繫與發布事項。
  十四、關於本處文書稽催事項。
  十五、關於本室資料檔之建立及保管事項。
  十六、處長、副處長交辦事項。