本局設各處、室，分別掌理下列事項：
  一、企劃處：中長程發展、經建計劃、重大投資、資源規劃、經營策略
      、專案研究分析評估及資訊系統之建立運用等事項。
  二、營業處：行銷業務、客、貨運經營、附屬事業管理及有關營業設施
      、設計、調查、督導、考核等事項。
  三、運務處：行車、運轉、車輛調度、車站設置調整及有關運輸設備、
      保安之設計、督導、考核等事項。
  四、工務處：橋隧、路線、工程、建築、產業管理之設計、督導、考核
      等事項。
  五、機務處：動力車、客貨車運用計劃、車輛設備、設計、督導、考核
      等事項。
  六、電務處：電訊、照明、號誌及電力等電務設施之設計、督導、考核
      等事項。
  七、材料處：材料籌劃、採購保管、調配、稽核等事項。
  八、秘書室：稽核、翻譯、譯電、會報、法律事務、機密文件、研究發
      展、管理革新、年度施政及工作計劃之彙編、管制考核、各項重要
      業務檢查、建議研究、業務報導、典禮、咨詢、新聞行政及總動員
      業務之規劃、推行、演習測驗督導考核等事項。
  九、行政處：福利、文書、印信、事務管理、財務調度、國內外債務籌
      劃、出納及公用汽車保養等事項。
  十、勞工安全衛生室：統籌規劃、督導及推行勞工安全衛生有關事項。