本所設左列各組室：
  一、反應器組：掌理反應器之研究發展及設計建造等事項。
  二、物理組：掌理原子能範疇內物理方面之研究發展事項。
  三、核子化學組：掌理放射性化學之研究發展事項。
  四、化學工程組：掌理放射性化學工程之研究發展及設計建造事項。
  五、放射冶金組：掌理核燃料元件及其他有關材料之研究製作事項。
  六、資源組：掌理核能資源探勘開發事項。
  七、保健物理組：掌理輻射安全偵測防護等事項。
  八、核能儀器組：掌理核能儀器之研究發展及設計製造等事項。
  九、綜合業務室：掌理本所綜合性業務。