本處設下列各科、室，分別掌理各有關事項：
一、系統科：電聯車、號誌、通訊、電力、自動收費、電梯、電扶梯、機
    廠設施等工程履約階段之整體設計審查評估、國內施工階段之整體安
    裝組合測試、系統保證及與營運間界面之聯繫等事項。
二、計管科：整體機電系統工程履約施工階段時程預算、人力調配、管制
    、型態界面及文件管理等事項。
三、設備科：電聯車、號誌、通訊、電力、自動收費、電梯、電扶梯、機
    廠設施等分項工程履約階段之設計審查、駐廠檢測、裝備驗收、工程
    變更、時程管制、廠商協調、國內施工階段之現場監督及安全衛生等
    事項。
四、物管科：電聯車、號誌、通訊、電力、自動收費、電梯、電扶梯、機
    廠設施等工程之履約管理、駐廠檢測整體規劃、督導機具裝備庫存管
    理、工程發包訂約及一般工事管理等事項。
五、秘書室：文書、檔案、出納、總務、財產之管理與公關、研考等業務
    及不屬於其他各單位事項。