本局設下列各單位，分別掌理有關事項，並得分課辦事：
  一、第一處：掌理捷運系統路網規劃、路線工程規劃、環境影響評估、
      用地規劃、其他運輸系統，營運規劃、都市計劃、公共設施之配合
      規劃，及研考等事項。
  二、第二處：掌理有關工程之調查、測量、鑽探、車道、廠站等之土木
      、建築、景觀等之規劃、設計、材料規格、施工規劃、施工計畫、
      概算編擬等事項。
  三、第三處：掌理車輛設備、廠房設施、電力供需、號誌電訊之規劃、
      設計、採購、安裝、測試及概算編擬等事項。
  四、第四處：掌理工程之發包、訂約、施工管理、工程物料採購、儲運
      、工程概算進度控制等事項。
  五、第五處：掌理土地開發基地規劃及評選、效益評估、用地取得、細
      部計畫、研訂開發計畫、建築設計、聯合開發基金管理、權益分配
      、投資管理及公有不動產租售、與其他經營管理等有關事項。
  六、品保中心：掌理品質保證、品質管制、各項成品測試及材料試驗、
      價值工程及安全衛生等事項。
  七、資訊中心：掌理整體資訊系統規劃、有關應用系統開發與應用，設
      備之操作、維護、資料處理，以及其他資訊，表報、檔案之建立與
      管理事項。
  八、財務室：掌理財務計畫之研擬、財務調度、財務管理、成本分析、
      工程保險及出納等事項。
  九、路權室：掌理用地取得、拆遷協調、費用發放及路權之管理事項。
  十、公共關係室：掌理公共關係、對外宣導、新聞聯繫、社會協調、公
      眾服務等事項。
  十一、秘書室：掌理法規、文書、印信及其他事務管理事項。