本處設下列各組、室，分別掌理下列事項：
一、動物保護組：動物及野生動物保護案件、宣導教育及法制事項管理、
    寵物疾病防治、絕育及登記管理、管制藥品管理、實驗動物管理等事
    項。
二、動物管制組：動物疾病衛生保健、檢診、調查、研究與管理、流浪犬
    貓捕捉收容管理、醫療救援、動物收容所輔導管理等事項。
三、經濟動物組：畜禽水產動物場（含屠宰場）疫情調查通報、疾病檢診
    、監測、研究與管理、養畜禽自衛防疫消毒輔導管理、病性鑑定、動
    物疾病防治法制事項管理及經濟動物人道管理等事項。
四、獸醫公共衛生組：人畜共通傳染病檢診、預防、輸入動物追蹤檢疫、
    動物診療機構設置、管理與輔導、動物用藥品輔導及法制事項管理、
    畜禽水產動物及原料畜產品藥物殘留檢驗與管理等事項。
五、寵物事業管理組：寵物業登記、輔導、管理與評鑑、寵物相關消費者
    保護事項、寵物殯葬業輔導管理、寵物用品業輔導管理等事項。
六、秘書室：文書、檔案管理、公文管理、事務、出納、採購、財產管理
    、法制、研考、推動為民服務、資訊管理，綜合業務及不屬於其他各
    組之事項。