本局設下列各科，分別掌理下列事項：
  一、環境管理科：掌理調查評估、教育宣導、公害糾紛處理、環境用藥
      管理、蟲鼠防治、毒性化學物質管理、毒性化學物質災害防救相關
      事項。
  二、空氣噪音防制科：掌理空氣污染防制、噪音與振動之管制及其有關
      事項。
  三、水質土壤防治科：掌理水污染、海洋污染與土壤污染之防治、水質
      管理、飲用水管理事項。
  四、廢棄物管理科：掌理一般廢棄物管理、事業廢棄物管理、公民營廢
      棄物清除處理機構之管理、資源回收再利用推動及管理、及有關環
      境衛生管理事項。
  五、環境稽查檢驗科：掌理空氣污染、水污染、廢棄物、飲用水等環境
      檢驗分析及公害陳情稽查事項。
  六、垃圾處理科：掌理垃圾處理場（廠）、污水處理廠、水肥處理廠等
      事項之規劃及營運管理。
  七、行政科：掌理文書、印信、研考、法制、採購、財產管理及事務管
      理等事項。