本處設下列科、廠、隊、室，分別掌理各有關事項：
  一、第一科：污水下水道系統之規劃、設計、審核等事項。
  二、第二科：雨水下水道系統與海堤及水利工程之規劃、設計、審核等
      事項。
  三、第三科：河川排洪、污染整治、生態復育及親水環境等工程之規劃
      、設計、審核、協調事項。
  四、第四科：工程材料、機具之採購、供應、工程用地之收購租用、污
      水下水道用戶接管之推廣、使用費之徵收、營運管理等事項。
  五、第五科：工程工事、發包、施工、考工及檢驗、驗收等事項。
  六、污水處理廠：污水處理設施之操作、維護、管理及水質檢驗、分析
      、統計、報告等事項。
  七、維護工程隊：下水道收集系統之操作、維護、清理及有關機具之管
      理、保養等事項。
  八、勞工安全衛生室：擬訂、規劃、督導及推動安全衛生管理事項，並
      指導有關部門實施。
  九、總務室：研考、文書、事務、技工及財產管理、出納、印信典守、
      法制及不屬於其他各單位之行政事項。