本局設下列各科，分別掌理有關事項：
  一、公害防治科：掌理空氣污染防制、噪音與振動管制、水污染（含海
      洋污染）防治、土壤及地下水污染防治、環境影響評估、教育宣導
      、公害糾紛處理、環境衛生用藥管理、公害陳情案件處理、毒性化
      學物質管制及綜合業務等事項。
  二、環境管理科：掌理環境衛生管理、飲用水檢驗及管理、事業廢棄物
      管制及環境衛生陳情處理等事項。
  三、廢棄物規劃科：掌理廢棄物處理及規劃、廢棄物處理場操作營運之
      管理、資源回收管理、公民營清除處理機構申請審核等事項。
  本局未設總務室，有關文書、印信、研考、法制、採購、資訊、財產管
  理、事務管理及其他不屬各科之業務事項，由局長指定人員辦理。