本局設左列各組、室，分別掌理有關事項：
  一、港務組設港灣、航管二課，並在航管課下設信號臺，分別掌理港灣
      設施、船舶指泊、營運船舶之管理、信號指揮等事項。
  二、業務組設營運、管理二課，分別掌理港埠業務規劃營運、碼頭工人
      管理等事項。
  三、工務組分設計、工事、機料三課，分別掌理各項工程之規劃、設計
      、考核、發包、訂約、船機規格審查、材料採購、存儲、維護及接
      受委託代辦工程事項。
  四、秘書室設第一、第二、第三及第四課，分別掌理研究發展、管制考
      核、港區動員、公共關係、文書印信、庶務、財產、現金出納、員
      工保健及不屬其他組、室掌理之事項。