本所設下列各課，分別掌理有關事項：
一、防疫檢疫課：掌理經濟動物及水生生物疾病防治、輸出入動物追蹤檢
    疫、斃死畜禽化製及查核輔導、動物性原料產品檢驗、動物用藥品管
    理、獸醫行政管理、肉品市場及動物屠宰場衛生檢查、一般行政事務
    等事項。
二、保護收容課：掌理動物福利、動物保護、動物緊急救援醫療照護、動
    物管制及收容管理、野生動物疾病防治、動物醫院查核管理、實驗動
    物查核管理、寵物飼料管理、寵物疾病防治及管理、寵物業管理等事
    項。