本局設下列各科，分別掌理有關事項：
  一、綜合計畫科：掌理環境影響評估、教育宣導、民眾公害陳情案件處
      理、公害糾紛處理、環境用藥管理及毒性化學物質管制等事項。
  二、污染防治科：掌理空氣污染防制、噪音與振動之管制、水污染、熱
      污染防治、土壤及地下水污染整治、飲用水管理及其有關事項；空
      氣污染、水污染、地下水污染、廢棄物、飲用水及其他環境品質檢
      驗等事項。
  三、廢棄物管理科：掌理廢棄物管理規劃、廢棄物處理場（廠）營運之
      管理及環境衛生管理等事項。
  四、行政科：掌理文書、印信、出納、研考、法制、採購、財產管理及
      庶務管理等事項。