本局設各科，分別掌理下列事項：
  一、企劃科：掌理衛生企劃、研考、為民服務、資訊、法制、生命統計
      及其他有關事項。
  二、疾病管制科：掌理傳染病防治、營業衛生管理、外籍勞工健康管理
      、預防接種、地方流行病防治及其他有關事項。
  三、醫政科：掌理醫事機構、醫療品質管制、緊急醫療救護、精神衛生
      、殘障鑑定、性侵害防治、家庭暴力防治、全民健康保險宣導、山
      地醫療保健、醫事人員之管理及其他有關事項。
  四、健康促進科：掌理社區醫療保健、職場健康促進、菸害防治、衛生
      教育、職業病防治、衛生所業務及其他有關事項。
  五、保健科：掌理婦幼衛生、癌症防治、中老年病防治、口腔衛生、長
      期照護、視力保健、兒童及青少年保健、護產人員管理及其他有關
      事項。
  六、檢驗科：掌理公共衛生檢驗、衛生所檢驗業務管理及其他有關事項
      。
  七、藥物暨食品管理科：掌理藥局、藥商、藥物、化妝品管理、衛生所
      藥政、藥事人員管理、食品衛生管理、健康食品管理、國民營養之
      管理及其他有關事項。
  八、行政科：掌理文書、檔案、印信、庶務、出納及不屬其他各課室事
      項。