本局設下列各科，分別掌理有關事項：
一、疾病管制科：掌理傳染病監測與防治、營業衛生管理、外籍勞工健康
    管理、醫院、機構感染控制、預防接種及疫苗管理等事項。
二、醫政科：掌理醫療機構及醫事人員管理、緊急醫療救護、山地離島緊
    急醫療救護訓練、精神衛生、心理衛生、身心障礙鑑定、醫療網等事
    項。
三、藥政及毒品防制科：掌理藥政、藥物、化妝品、醫藥分業、藥事人員
    登記管理、藥械供應及毒品防制等事項。
四、保健科：掌理婦幼衛生、癌症防治、中老年病防治、健康體能暨肥胖
    防治、社區（部落）健康營造等事項。
五、稽查科：掌理衛生稽查、取締、陳情案件處理、菸害防制稽查及其他
    有關衛生行政等事項。
六、食品衛生科：掌理食品衛生管理等事項。
七、企劃科：掌理衛生企劃、研考、為民服務、資訊、法制、志願服務、
    生命統計、菸害防制及衛生所業務管理等事項。
八、行政科：掌理文書、檔案、印信、庶務、出納及其他不屬各科等事項
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