大陸地區之營利事業或其於第三地區投資之營利事業申請下列許可、登記
及備查案件之規費計算基準：
一、設立分公司許可：按其專撥在臺營業所用資金，每新臺幣四千元一元
    計算；未達新臺幣一千元者，以新臺幣一千元計算。
二、增加營業所用資金：按其所增加之數額，每新臺幣四千元一元計算；
    未達新臺幣一千元者，以新臺幣一千元計算。
三、前二款以外之申請：應繳納規費每件新臺幣一千元。
四、設立、變更或廢止分公司登記：每一分公司應繳納規費新臺幣一千元
    。
五、設立或變更辦事處許可：每一辦事處應繳納規費每件新臺幣一千元。
六、設立、變更或廢止辦事處備查，或申報年度工作報告書及經費決算備
    查：每一辦事處應繳納規費新臺幣一千元。
七、前六款許可、登記或備查案件，未經主管機關許可、准予登記或備查
    者，申請人所繳納之每件規費中之新臺幣五百元不予退還。

一、將序文所定之「標準」修正為「基準」，理由同修正條文第三條說明
    一；又為配合一百十一年六月八日修正公布之臺灣地區與大陸地區人
    民關係條例（以下簡稱兩岸條例）第四十條之一之規範對象，除現行
    已納管之「大陸地區之營利事業」外，亦及於「大陸地區之營利事業
    於第三地區投資之營利事業」，爰將序文所定之「大陸地區之營利事
    業」修正為「大陸地區之營利事業或其於第三地區投資之營利事業」
    ，以明確前開「大陸地區之營利事業於第三地區投資之營利事業」申
    請許可、登記及備查案件之規費計算基準。
二、為臻明確，現行條文第一款至第五款酌作文字修正；另依一百十一年
    十一月十七日修正發布之大陸地區之營利事業或其於第三地區投資之
    營利事業在臺設立分公司或辦事處許可辦法（以下簡稱許可辦法）第
    十二條有關同辦法第十條申請設立辦事處許可之事項有變更者，應向
    主管機關辦理變更許可，爰將現行條文第五款「辦事處之許可」修正
    為「設立或變更辦事處許可」。
三、依許可辦法第十一條有關設立辦事處申報備查、第十二條有關前開備
    查之事項有變更者申報變更備查，及第十五條第一項有關大陸地區之
    營利事業或其於第三地區投資之營利事業應於每會計年度終了後二個
    月內檢具辦事處工作報告書及經費決算，報主管機關備查之規定，主
    管機關每一年度均須辦理大陸地區之營利事業或其於第三地區投資之
    營利事業在臺辦事處申報辦事處工作報告書及經費決算備查案之審查
    業務。基於使用者付費原則及合理反映主管機關負擔之行政成本，如
    人力、資源投入，爰增訂第六款，明定申請設立、變更或廢止辦事處
    備查，或申報年度工作報告書及經費決算備查之案件，每一辦事處應
    繳納規費新臺幣一千元。
四、依兩岸條例第九十五條之二「各主管機關依本條例規定受理申請許可
    、核發證照，得收取審查費、證照費；其收費標準，由各主管機關定
    之」之規定，受理登記申請案件之主管機關得收取「審查費」，又參
    酌許可辦法第十條第二項「前項設立辦事處之審查，主管機關於必要
    時，得會商目的事業主管機關辦理」之規定，主管機關審查第一款至
    第六款許可、登記或備查時，為臻慎重與維護國家安全及公益，常需
    會商各相關目的事業主管機關及國家安全機關，此審查作業上負擔之
    行政成本如人力、資源投入大幅增加，亦應合理反映之，爰增訂第七
    款，明定第一款至第六款許可、登記或備查案件之申請，未經主管機
    關許可、准予登記或備查者，申請人所繳納之每件規費中之新臺幣五
    百元不予退還，為申請人所應繳納屬審查費性質之規費，以符合成本
    填補原則。
五、至修正條文第三條對於本國公司、第四條對於外國公司之登記申請案
    ，則無上開行政規費之「審查費」不予退還之規定，係因依公司登記
    辦法第二條「申請設立之登記」及同辦法第四條「申請為變更之登記
    」規定，現行上開公司之登記事項所收取之行政規費為「登記費」之
    性質，倘申請案未經主管機關准予登記，則退還原繳納之規費。是以
    ，修正條文第三條對於本國公司、第四條對於外國公司之登記申請案
    與本條對於大陸地區之營利事業或其於第三地區投資之營利事業之許
    可、登記或備查申請案，所為行政規費之徵收，性質上尚有不同，併
    予敘明。