本基金收入，應專款專用，其用途如下：
  一、環保機關執行水污染防治及空氣污染防制工作。
  二、輔助及執行各項污染改善工作。
  三、水污染防治及空氣污染防制技術之研發及策略之研訂。
  四、執行水污染防治及空氣污染防制工作之國、內外考察、研究、訓練
      等。
  五、執行工作相關之必要支出（含人事費）。
  六、購置污染源管制之稽查及監測等相關設備。
  七、營建工程棄土場設置等相關作業：（棄土場設置收費辦法另定之）
      。
  八、環境品質監測、污染防制稽核、獎勵等工作。
  九、飲用水水源水質保護區及水污染總量管制區之水質改善。
  十、公共污水下水道系統主、次幹管、污水處理廠及廢（污）水截流設
      施之建設。
  十一、水肥投入站及水肥處理廠之建設。
  十二、廢（污）水處理設施產生之污泥，集中處理設施之建設。
  十三、其他有關水污染防治及空氣污染防制工作。