一、查核事項
    營利事業取具涉嫌虛設行號發票列報成本或損費經稽徵機關查獲，若
    該營利事業主張有進貨或損費支付事實，應由其提示有關證明文件供
    核。至有無進貨或損費支付事實，可依下列方式查核認定：
  （一）買賣業：
        甲、成本部分：
        1.先就銷貨查證：為確認是否有銷貨事實，應就銷貨對象、運送
          單據、收款情形、抽樣查核。
        2.就商品進銷存數量查核，必要時得實地查證其存貨量，以確認
          其進銷存數量。
        3.就進貨相關資料再予查證其進貨付款情形，以證實其有無支付
          進貨款項。查核時應通知營利事業提示支付款項之證明文件，
          如支票付款或其他足資證明有付款之證據。
        4.經查證結果有進貨事實，其屬不知情者依二、移罰事項第（一
          ）目處理；其屬知情者依二、移罰事項第（二）目處理。經查
          證結果，無進貨事實者，以虛列成本並依二、移罰事項第（三
          ）目處理。
        乙、損費及資產部分：
        各項損費部分應通知營利事業提示支付款項之證明文件，如支票
        付款或其他足以證明有支付事實之證據；資產部分應審查營利事
        業財產目錄有無該項固定資產（含增添、修理及改良）。經查證
        結果各項損費有支付款項證明且為營業所必需；資產部分經實地
        查勘確屬實在，可認定有支付事實，其屬不知情者依二、移罰事
        項第（一）目處理；屬知情者依二、移罰事項第（二）目處理；
        無支付事實，即認屬虛列費用依二、移罰事項第（三）目處理。
  （二）製造業：
        甲、成本部分：
        1.就進貨憑證所載物品了解其產製產品之產銷存情形。
         (1)確認有否銷貨事實：應就內外銷加以勾稽，查核方法比照買
            賣業辦理。
         (2)就產銷存數量加以勾稽其產製、銷售及製成品盤存是否相符
            。
        2.就原料進耗存數量勾稽：依原物料領用、耗用情形核對相關生
          產記錄、領料紀錄，必要時可比照買賣業實地查證其存料數量
          ，以確認其進耗存數量。
        3.就進貨相關資料，如進料貨之付款、倉儲運費等加以查核，查
          核時應通知營利事業提示支付款項之證明文件，如支票付款或
          其他足資證明有付款證據。
        4.經查證結果有進貨事實，其屬不知情者依二、移罰事項第（一
          ）且處理；其屬知情者依二、移罰事項第（二）目處理。經查
          證結果，無進貨事實者，以虛列成本並依二、移罰事項第（三
          ）目處理。
        乙、損費及資產部分：
        本部分比照（一）買賣業乙項查核方式辦理。
  （三）營造業：
        甲、成本部分：
        應就取得虛設行號發票所載內容與工程合約及材料進耗存數量加
        以勾稽，經查核結果足以證明確有使用等量之材料時應准認定，
        餘比照買賣、製造業等查核方式辦理。經查核結果有進貨事實，
        其屬不知情者依二、移罰事項第（一）目處理；其屬知情者依二
        、移罰事項第（二）目處理。經查證結果無進貨事實或虛列工程
        費用者，以虛列成本依二、移罰事項第（三）目處理。
        乙、損費及資產部分：
        本部分比照（一）買賣業乙項查核方式辦理。
  （四）其他業：
        比照買賣業或製造業相關之查核方式查核，以確認有無進貨事實
        或損費支付事實。
  （五）機關團體案件：
        機關團體案件取得涉嫌虛設行號發票，因該機關團體組織非屬營
        利事業，應依教育、文化、公益、慈善機關或團體免納所得稅適
        用標準規定審查是否符合免稅適用標準，並應依財財政部八十三
        、六、一台財稅第八三一五九五三六一號函釋規定辦理。

二、移罰事項：
  （一）經認定有進貨或損費支付事實且屬不知情者，通報高雄市稅捐稽
        徵處依稅捐稽徵法第四十四條規定辦理，如原建檔通報之稅捐稽
        徵機關已依捐稽徵法第四十四條規定送罰，則免再依同法條送罰
        ，惟進貨部分如該虛設行號發票所載金額顯較時價為高者，應依
        所得稅法第二十七條規定核定其進貨成本。
  （二）經查明認定有支付事實其屬知情者，除依第（一）目規定辦理外
        ，並應依稅捐稽徵法第四十一條及第四十三條規定辦理。
  （三）經查明無進貨或捐費支付事實者，應以虛增成本或損費處理，除
        依所得稅法第一一０條規定補稅送罰外，並依稅捐稽徵法第四十
        一條及第四十三條規定辦理。送罰時應檢具不予認定有進貨或損
        費支付事實之相關證據（含各該虛設行號發票收執聯影本）參照
        七十六、五、六台財稅第七六三七三七六號函辦理。
  （四）依稅捐稽徵法第四十一條及第四十三條規定辦理者；因涉及刑責
        問題，須審慎考慮證據問題，如認定證據明確，再予移送法務科
        處理，否則不宜移送法辦，至其證據問題，可參考下列事項辦理
        。
        1.認定無法進貨或損費支付事實者，須詳實調查取得積極證據，
          認定知情者亦同。
        2.依稅捐稽徵法第四十三條規定辦理者，須銷貨商（正犯）可成
          立稅捐稽徵法第四十一條之罪，而進貨商（幫助犯）係屬知情
          者。
        3.移送刑責須填製筆錄，載明取得發票來源，有無進貨或損費支
          付事實，有無付款記錄，有無其他證人等及營業事項，知情不
          知情或其他與案情有關事項。
        4.以勾稽進、銷、存數量或為製造業、營造業所必需使用之原、
          物料等查核方式認定無進貨事實者，宜製表說明，作為輔助證
          據。
        5.使用虛設行號發票涉嫌犯罪之主要證據為發票正本，若使用影
          本，註明「與正本無異」之字樣，並須加蓋營利事業及負責人
          之章。
        6.其他足資認定為知情之相關證據。
        7.未提示進貨或損費支付事實或納稅人無法舉證證明其對取得虛
          設行號發票之事實不知情者，不宜遽以認定為知情。
  （五）營利事業未提示帳簿、文據，或提示不足認定確有貨或損費支付
        事實時，依下列原辦理：
        1.營利事業結算申報原係依書面審核核定或尚未核定案件，經通
          知已提示帳簿文據惟不足認定確有進貨或損費支付事實者，及
          業經調帳查核認定案件經通知而未提示帳簿、文據或提示不足
          認定確有進貨或損費支付事實者：
         (1)取得虛設行號發票金額如能確認列報於營業費用或營業外損
            失，則全數自該等項下剔除，並依所得稅法第一一０條規定
            送罰。
         (2)該取得虛設行號發票金額如不能確認列報於成本或費用，則
            直接自成本項下剔除，並依所得稅法第一一０條規定送罰；
            惟為免造成以少數成本即能大量銷貨或產製產品情形，剔除
            後之營業淨利若大於依同業利潤標準核定之營業淨利，則其
            營業淨利依同業利潤標準核定之，原核定營業淨利與逕決營
            業淨利之差額依所得稅法第一一０條規定送罰，逕決營業淨
            利與剔除虛列金額後營業淨利之差額通報高雄市稅捐稽徵處
            ，依稅捐稽徵法第四十四條規定辦理。
        2.營利事業結算申報原係依書面審核核定或尚未核定案件，經通
          知而未提示帳簿文據者：除依查得資料核定者外，應依同業利
          潤標準核定所得額，取得虛設行號發票金額就認定為成本或費
          用部分，通報高雄市稅捐稽徵處依稅捐稽徵法第四十四條規定
          辦理，未認定為成本或費用部分依所得稅法第一一０條規定送
          罰。

三、盈虧互抵問題：
    除符合左列規定之一者外，均否准適用所得稅法第三十九條有關前五
    年虧損扣除之規定：
  （一）經查明進貨或損費有支付事實且營利事業已舉證證明為不知情者
        。
  （二）符合財政部（八三）台財稅第八三一六０一一七五號函、八三一
        六０一一八三號函及（八五）台財稅第八五一九一八０八六號函
        釋規定者。

四、其他注意事項：
  （一）查核過程中發現營利事業取得偽造、變造發票情事者，應向稅捐
        稽徵單位及財稅資料中心調取營業稅檔資料查證。
  （二）為簡化作業、節省人力，書審案件其成本或損費項目取得虛設行
        號發票，經查明有進貨事實，而金額在一百萬元以下或取具金額
        佔當期進貨（如列報為成本科目則以佔當期投入成本）金額未達
        百分之三者；資產（設備）項目，所取得虛設行號發票以換算每
        年折舊金額在二十萬元以下者，因其情節尚屬輕微，免再予調帳
        查核；惟於查核中如發現其他重大異常情事，可經簽報列入調帳
        查核。
  （三）當年度營所稅結算申報案如係書面審核，依財政部規定應一律調
        帳查核。惟此類案件就申報情形及通報資料金額等先核對分析；
        倘無調帳查核之必要時，可個案簽請暫免調帳查核。
  （四）如經查明未將該虛設行號發票金額列報於成本或損費者，可簽免
        議結案。
  （五）此類案件如已辦理結算申報，由本局查核。如年度中已發現，未
        屆申報期限，或年度已屆，但未屆申報期限，依本局與高雄市稅
        捐處業務聯繫要點規定由高雄市稽捐處負責處理。
  （六）此類案件除應嚴加查核外，並應注意查核是否另有取用其他虛設
        行號發票，或取得鉅額收據憑證列報成本或各項損費，如取具同
        一小規模營利事業單位之收據，其累計金額達新台幣十萬元以上
        者，並應通報該小規模營利事業所在地之稽徵機關辦理，並注意
        有無查核準則第三十八條規定適用。
  （七）此類案件之申報書及調查報告書均應加蓋「涉嫌使用虛設行號統
        一發票案件」戳記，以供識別。