副主任承主任之命輔助處理本中心業務，其職責如左：
一、主任因公或差假外出、代行其職務。
二、輔助重要政策及工作計畫之決定。
三、重要會議之參加或代表主任出席有關會議。
四、輔助全國應用電子計算機之規劃、及應興與應革意見之提供。
五、各組室工作及權責問題之協調與解決。
六、主任交辦事項。