本規程依臺南市政府組織自治條例第十條第五項規定訂定之。

  臺南市衛生局（以下簡稱本局）置局長一人，承市長之命，綜理局務，
  並指揮、監督所屬員工及機關；置副局長一人，襄理局務。
  前項局長或副局長其中一人，必要時得依醫事人員人事條例規定，由相
  當級別之相關醫事人員擔任。
  局長因故不能執行職務時，由副局長代理，副局長因故不能代理時，由
  秘書代理。

  本局設下列各科，分別掌理下列事項：
  一、醫事科：掌理醫政、醫事機構管理、醫事人員執業登錄、緊急醫療
      與救護、醫療糾紛處理、毒品防治、身心障礙鑑定及其他有關事項
      。
  二、心理與精神衛生科：掌理心理衛生、精神衛生、憂鬱與自殺防治、
      家暴與性侵害防治及其他有關事項。
  三、食品藥物檢驗科：掌理食品衛生、健康食品、國民營養、藥局、藥
      商、藥物、化妝品、管制藥品管理、公共衛生檢驗及其他有關事項
      。
  四、疾病管制科：掌理預防注射、傳染病防治、營業衛生管理、外籍勞
      工健康管理及其他有關事項。
  五、健康促進科：掌理婦幼衛生、癌症防治、陽性個案追蹤管理、中老
      年病防治、口腔衛生、視力保健、菸害防制、健康體能、衛生教育
      、職業病防治、社區健康營造、長期照護及其他有關事項。
  六、企劃與管理科：掌理公共衛生技術企劃與管考、衛生所管理、保健
      志工管理、跨科專案計畫、法制、資訊、為民服務、文書、檔案、
      印信、庶務、出納及其他不屬各科事項。

  本局置秘書、科長、技正、專員、技士、科員、衛生教育指導員、衛生
  稽查員、技佐、辦事員、書記。
  前項主管醫政、藥政、健康促進、疾病管制、檢驗業務之科長職務，必
  要時得依醫事人員人事條例規定，由相當級別之相關醫事人員擔任。

  本局設人事科，置科長、助理員；依法辦理人事管理事項。

  本局設會計科，置會計科長、佐理員；依法辦理歲計、會計，並兼辦統
  計事項。

  本局設政風科，置科長；依法辦理政風業務。

  本規程所列各職稱之官等職等及員額，另以編制表定之。
  各職稱之官等職等，依職務列等表之規定。

  本局下設各區衛生所，並得視業務需要設立有關衛生醫療機構，其組織
  規程另定之。

  本局分層負責明細表，由本局擬訂，報臺南市政府核定後實施。

  本規程自發布日施行。
  本規程中華民國九十三年二月十三日修正發布第二條、第三條、第四條
  、第五條、第九條、第十條、第十二條自中華民國九十三年一月一日起
  施行。
  本規程中華民國九十七年四月十二日修正發布第一條、第三條至第十條
  自中華民國九十七年四月一日起施行。