本院設下列處、會、辦公室：
一、綜合業務處，分五科辦事。
二、內政衛福勞動處，分四科辦事。
三、外交國防法務處，分三科辦事。
四、交通環境資源處，分四科辦事。
五、財政主計金融處，分二科辦事。
六、經濟能源農業處，分三科辦事。
七、教育科學文化處，分三科辦事。
八、消費者保護處，分四科辦事。
九、性別平等處，分四科辦事。
十、新聞傳播處，分六科辦事。
十一、人權及轉型正義處，分五科辦事。
十二、國土安全辦公室，分四科辦事。
十三、災害防救辦公室，分四科辦事。
十四、法規會，分八科辦事。
十五、公共關係處，分四科辦事。
十六、秘書處，分六科辦事。
十七、人事處，分二科辦事。
十八、政風處，分二科辦事。
十九、主計處，分二科辦事。
二十、資訊處，分三科辦事。

經濟能源農業處掌理下列事項之政策研議、法案審查、計畫核議及業務督
導：
一、產業園區與科技產業園區開發及管理。
二、國際貿易、對外投資及國際經濟與技術合作。
三、產業及中小企業輔導發展。
四、智慧財產權、標準檢驗及公平交易。
五、國際經貿談判統籌規劃及協調推動。
六、能源發展與安全管制及經濟部所屬國營事業輔導管理。
七、農漁牧業發展及農業資源管理。
八、農業金融、國際農業合作及農漁民福利。
九、國家發展規劃、經濟發展、產業發展、國土區域離島發展、法制革新
    與協調及國家發展基金。
十、其他有關經濟、能源及農業事項。

國土安全辦公室掌理事項如下：
一、反恐、關鍵基礎設施安全防護之資訊蒐整、政策研議、法案審查、計
    畫核議及業務督導。
二、反恐、關鍵基礎設施安全防護通報應變機制、演習訓練、國際交流合
    作之督導及管考。
三、國土安全政策會報決議、配合國家安全系統職掌之反恐及關鍵基礎設
    施防護。
四、與國土安全有關動員準備工作之規劃、整合、協調及協助督導。
五、其他有關反恐、關鍵基礎設施安全防護業務事項。

災害防救辦公室掌理事項如下：
一、災害防救政策與措施之研擬、重大災害防救任務及措施之推動。
二、中央災害防救會報及中央災害防救委員會決議事項之督導。
三、災害防救基本方針及災害防救基本計畫之研擬。
四、災害防救業務計畫及地區災害防救計畫之初審。
五、災害防救相關法規訂修之建議。
六、災害預警、監測及通報系統之協助督導。
七、災害整備、教育、訓練及宣導之協助督導。
八、緊急應變體系之規劃與災後調查及復原之協助督導。
九、災害防救韌性之規劃、整合、協調及協助督導。
十、其他有關災害防救之業務督導事項。