自由港區事業應辦理之自主管理事項如下：
一、自國外進儲貨物之通報。
二、貨物輸往國外之通報。
三、貨物輸往其他自由港區之通報。
四、貨物輸往課稅區或保稅區之通關。
五、自課稅區或保稅區進儲貨物之通關。
六、區內交易貨物之通報。
七、修理、測試、檢驗、加工、展覽、委託及受委託修理、測試、檢驗、
    加工之處理。
八、進儲本條例第十五條第一項規定物（貨）品之通報。
九、本條例第十六條第一項規定物（貨）品輸往國外之通報。
十、貨物及自用機器設備之帳務處理。
十一、按月彙報貨物之入出區（廠）管理。
十二、盤點及盤存清冊、結算報告表之造送。
十三、廢品、下腳及其有利用價值部分之處理。
十四、物（貨）品遭竊或遭受災損時之處理。
十五、門禁之管控。
十六、製造、物流、倉儲及廠（場）區作業之管理。
十七、封條加封、解封及核銷作業。
十八、短卸、溢卸、短裝或溢裝報告之填報。
十九、加工、重整、包裝、加註或更正標記、箱號作業。
二十、看樣、取樣及公證作業。
二十一、空貨櫃進出之檢查。
二十二、貨物通關、帳務處理及貨物控管之電腦資料儲存作業。
二十三、違規、違章或異常案件之報告。
二十四、遵守產地標示規範。
二十五、跨區貨櫃（物）移運以自由港區專用運貨工具（專用車隊）或保
        稅運貨工具載運之處理。
二十六、依本辦法或其他法規規定設置監控系統，其監控系統及監控錄影
        檔案存檔之管理。
二十七、其他經自由港區管理機關或海關規定應遵行事項。

一、第一款至第三款、第六款至第十三款、第十五款、第十六款、第十九
    款至第二十二款、第二十四款及第二十五款未修正。
二、為符法制，第四款、第五款、第十四款、第十八款及第二十三款酌作
    文字修正。
三、依現行實務作業，自由港區事業辦理封條相關之自主管理事項包含封
    條之解封作業，爰參考貨棧貨櫃集散站保稅倉庫物流中心及海關指定
    業者實施自主管理辦法第七條第一款第八目規定，修正第十七款，明
    定解封作業亦屬自主管理事項，以符實際。
四、監控系統正常運作及監控錄影檔案依規定存檔為落實貨物控管之重要
    事項，自由港區內海關認為有必要之處所，應設置監控系統。依本辦
    法第二十四條之一第一項第四款規定，自由港區事業進儲國外整裝貨
    櫃貨物得逐案向海關申請免拆櫃進倉之條件，包括須設置符合規定之
    監控系統；另依自由貿易港區事業營運管理辦法第十條規定，自由港
    區事業經營港區貨棧，其設施、設備應符合海關管理進出口貨棧辦法
    等相關規定，且依海關管理進出口貨棧辦法第十三條之一明定進出口
    貨棧須設置符合規定之監控系統。為確保業者妥善維護監控系統及監
    控錄影檔案存檔正常運作，爰於第二十六款增訂相關自主管理事項，
    以資明確。
五、配合增訂第二十六款規定，現行第二十六款遞移至第二十七款，內容
    未修正。

自由港區事業將免稅貨物輸往課稅區或保稅區委託加工，應檢具委託加工
申請書、合約書、受託廠商工廠登記證明文件、加工說明或圖說、單位用
料清表及委外運出運回核銷帳務系統之操作說明，向所在地海關申請核准
，經核准者，免提供稅款擔保。海關得視需要會同相關機關成立審查小組
辦理審查。
經核准辦理委託課稅區或保稅區加工之案件，其貨物輸往課稅區或保稅區
及由課稅區或保稅區運回，應依第六條規定辦理通關手續或按月彙報，並
登錄相關帳表。
自國外進儲第一項委託加工貨物，自由港區事業於向海關傳輸報單，依相
關輸入規定，完成通關取得放行訊息後，得免進儲自由港區事業，逕輸往
課稅區或保稅區。如發生短裝或溢裝情形，準用進出口貨物查驗準則第二
十二條第一項規定辦理。
受託加工之課稅區或保稅區廠商須以辦妥工廠登記之工廠為限，且其生產
製造項目應與受委託項目相符。對於該受託加工貨物應設置專區存儲，並
設置帳卡隨時記錄免稅貨品之存入、領出及結存數量，以備查核。
委託加工貨物以管制貨品以外之貨品為限。課稅區廠商受託加工所添加之
進口原料，除其屬本條例第二十六條第二項各款所列者外，得依外銷品沖
退原料稅辦法規定，申請退稅；保稅區廠商受託加工所添加之保稅原料，
得申請除帳。
第一項委託加工受理申請及審查核准事項，海關得委託自由港區管理機關
辦理，管理機關應將其審查結果及相關文件函知海關。

一、第一項、第二項及第四項至第六項未修正。
二、為期與進出口貨物查驗準則用語一致，並符法制作業，爰第三項酌作
    文字修正。

自由港區事業向海關申請將貨物輸往保稅區、課稅區或自保稅區、課稅區
輸入貨物，得以按月彙報方式辦理通關。但貨物輸往保稅區，或自保稅區
輸入，須該保稅區廠商具有按月彙報資格者始得辦理。
自由港區事業貨物輸往課稅區或受理課稅區廠商委託辦理加工、修理、檢
驗或測試有添加未稅原料案件經海關核准按月彙報者，應向海關提供相當
保證金或擔保，於擔保額度內准予提貨出區。但出區供修理、測試、檢驗
或委託加工之用者，不在此限。
經核准辦理按月彙報之自由港區事業於貨物入出區前，應填具申請書向海
關申請按月彙報貨物入出區，經核准者，自由港區事業憑海關核准通知及
相關文件辦理貨物入出區並登帳。於次月十五日前彙總填具報單及檢附入
出區相關運送單及交易憑證或相關文件等向海關辦理通關手續，並以最後
一批貨物入出區日期視同出進口日期。
下列貨物不得辦理按月彙報：
一、本條例第十五條第一項規定之物（貨）品。
二、應依輸出入規定辦理之物（貨）品。
三、汽（機）車。但依第九條核准委託加工運回之汽（機）車，不在此限
    。
四、實施關稅配額之貨物。
五、採取特別防衛措施之貨物。
六、輸往課稅區之應課貨物稅之貨物。
七、輸往課稅區展覽之物（貨）品。
八、其他經海關公告不適宜彙報之貨物。
自由港區事業經核准辦理按月彙報者，其貨物進出區時填具之運送單、裝
箱單及交易憑證或相關文件內容，應與實際貨物相符。
按月彙報通關案件如有虛報或不實情事者，依本條例第三十八條第二項規
定論處。

一、第一項及第四項至第六項未修正。
二、第二項酌作文字修正。
三、考量按月彙報貨物已先行入出區，彙總報關時海關已無驗貨核對裝箱
    單需求，按月彙報案件彙總報關時無須再提供裝箱單，爰刪除第三項
    「裝箱單」等文字，以簡化報關文件、節省業者作業時間及節能減碳
    ，並酌作文字修正。

依本條例第十八條第二項規定，自由港區事業辦理有關重整、加工、製造
、修理、檢驗或測試之帳務處理事項如下：
一、自由港區事業貨物因重整、加工、製造、修理、檢驗或測試等，致改
    變原貨物名稱、規格、型號或料號者，按其改變後之料號登帳，並於
    貨物報運出口、轉儲或內銷前，檢附單位用料清表及相關文件送海關
    申請備查，以核銷原貨物帳；未依規定申請辦理者，不予除帳。但未
    改變料號者，仍依原料號登帳。
二、自由港區事業加工、製造貨物，得依其原料之性質或型態，選擇含損
    耗或不含損耗使用數量編製單位用料清表。
三、依第九條或第十條規定委託課稅區或保稅區廠商加工、修理、檢驗或
    測試等貨物，如改變原貨物名稱、規格、型號或料號者，應編製單位
    用料清表送管理機關或海關審查；經核准之單位用料清表如有變更，
    應送海關備查。
四、作業過程中產生之廢料、廢品或下腳應另儲存，定期造冊向管理機關
    申請，由管理機關會同海關監毀，其有殘餘價值部分，依規定辦理稅
    費徵免後，得輸入課稅區。
五、委託區外廠商辦理修理、測試、檢驗或加工所產生之廢料、廢品或下
    腳，應於復運入區時報明，並依前款規定辦理。
六、前款之廢料、廢品或下腳，區外廠商設有二十四小時連續錄影或動態
    偵測錄影之監控系統、專區存放、帳務控管完備者，經管理機關核准
    得不運回自由港區；管理機關得會同海關於區外辦理銷毀作業，其有
    殘餘價值部分，應依規定辦理稅費徵免。

一、為符法制，爰於序文、第一款、第三款、第四款及第五款酌作文字修
    正。
二、第二款未修正。
三、為期與貨棧貨櫃集散站保稅倉庫物流中心及海關指定業者實施自主管
    理辦法用語一致，並符法制作業，爰於第六款酌作文字修正。

依本條例第十八條第三項規定，自由港區事業有關貨物控管，應辦理事項
如下：
一、對貨櫃（物）之進儲、提領、存放位置、異動及進出廠（場）區，設
    有一套完整之電腦控管作業，相關電腦紀錄及單證保管三年。
二、設門禁管制，負責執行貨櫃（物）進出廠（場）區之查對。
三、遇有下列情事應即通報海關：
    （一）貨櫃（物）失竊或調包者。
    （二）封條有遺失、破損、斷失、偽造或變造之嫌，或封條號碼與貨
          櫃（物）運送單兼出進站放行准單（以下簡稱運送單）所載不
          符，或電子（紙）封條讀取比對異常者。
    （三）運送單經塗改者。
    （四）發現貨櫃（物）有夾藏或夾層者。
    （五）貨櫃（物）逾時進區或逾時未進區者。
    （六）發現進出倉貨物與原申報之貨名不符者。
    （七）發現不得進儲之貨物。
    （八）存倉貨物遭受水災、風災、火災或其他天然災害而致損毀者。
    （九）存倉貨物查核或盤點，發現與帳面結存數不符者。
    （十）發現貨物原產地標示明顯不符者。
    （十一）發現監控系統或監控錄影檔案存檔異常者。
    （十二）其他違規、違章及異常情形。

一、第一款及第二款未修正。
二、為符法制，第三款第一目及第二目酌作文字修正。第三目至第十目未
    修正。
三、監控系統正常運作及其監控錄影檔案依規定存檔為落實貨物控管之重
    要事項，發現異常情形，如未二十四小時連續錄影，或監控錄影檔案
    未存檔保留至少三十日者，應即通報海關，爰於第三款增訂第十一目
    ，以資明確。
四、配合增訂第三款第十一目規定，現行第十一目遞移至第十二目，內容
    未修正。

自由港區事業進儲國外整裝貨櫃貨物，符合下列條件者，除菸、酒與未經
經濟部公告准許輸入之大陸農、漁及畜產品外，得逐案向海關申請免拆櫃
進倉，以原貨櫃存儲於該事業之露天處所儲位：
一、成立一年以上。
二、申請前一年內，依本條例核處罰鍰未逾三次且未經停止進儲貨物。
三、整櫃貨物貨名相同，並提供裝箱單或裝櫃明細表。
四、自由港區事業營運面積劃有露天處所儲位，且設有二十四小時連續錄
    影或動態偵測錄影之監控系統，其監控錄影檔案應存檔三十日以上，
    必要時，應依海關通知延長存檔至九十日以上。
五、貨櫃存儲自由港區事業期間應以自備封條或海關封條加封。
六、自由港區事業應於帳冊登載貨櫃標誌、號碼、封條號碼及儲位，並備
    註原進倉貨櫃不拆櫃存儲。
七、整裝貨櫃貨物進儲前，應於貨櫃集散站完成通報程序。
依前項規定存儲貨物後，自由港區事業向海關通報，有虛報、不實情事或
私運行為者，自處分之日起一年內不得再依前項規定申請免拆櫃進倉。
第一項存儲貨櫃，於存儲期間不得開啟。但自由港區事業有特殊情形者，
得經海關核准，在櫃內貨物不分批進出自由港區事業之前提下，開啟或更
換貨櫃，並設置封條加封解封紀錄簿，以供查核。

一、為符法制，爰於第一項序文、第四款及第三項酌作文字修正。
二、第一項第四款修正理由同第十九條說明三。
三、第二項未修正。