一、會計處理參照「企業會計準則公報」：營利事業的會計處理已大小分
    流，公開發行公司採用國際財務報導準則（IFRS），非公開發行公司
    遵循「企業會計準則」，經濟部對一般公認會計原則之最新定義如下
    ：按商業會計處理準則第二條規定所稱之一般公認會計原則，係指「
    財團法人中華民國會計研究發展基金會所公開之各號企業會計準則公
    報及其解釋」。自中華民國一百零五年一月一日適用。但得自願自一
    百零四年會計年度開始日起適用。惟商業亦得因其實際業務需要，選
    用「經金融監督管理委員會認可之國際財務報導準則、國際會計準則
    、解釋及解釋公告」。（經濟部一０四、九、十六經商字第一０四０
    二四二五二九０號函），考量衛生財團法人之營運規模及帳務處理成
    本，故相關會計處理擬比照一般中小企業適用之企業會計準則公報。
二、在第一點之前提下，作如下細部修訂：
  1.資產及負債之次級分類僅分為流動及非流動。惟為考量資訊揭露之透
    明性，非流動資產之揭露需到四級會計項目。
  2.考量全國會計使用名稱之一致性，參照IFRS和企業會計準則修訂會計
    名稱如下：
    ┌─┬────────────┬─────────────┐
    │  │        原名稱          │        修改後名稱        │
    ├─┼────────────┼─────────────┤
    │A │會計科目                │會計項目                  │
    ├─┼────────────┼─────────────┤
    │B │以公平價值衡量之金融資產│透過損益按公允價值衡量之金│
    │  │                        │融資產                    │
    ├─┼────────────┼─────────────┤
    │C │攤銷後成本法之債券投資  │無活絡市場之債務工具投資  │
    ├─┼────────────┼─────────────┤
    │D │固定資產                │不動產、廠房及設備        │
    ├─┼────────────┼─────────────┤
    │E │融資活動之現金流量      │籌資活動之現金流量        │
    └─┴────────────┴─────────────┘
  3.資產項下增列「備供出售金融資產–流動」及「備供出售金融資產–
    非流動」；備供出售金融資產期末評價產生之未實現損益，視該金融
    資產係屬永久限制用途、暫時限制用途或無限制用途淨資產，調整所
    屬淨資產之帳面金額。
  4.資產項下增列「投資性不動產」，並規定續後評價採成本模式。
  5.遞延所得稅資產及遞延所得稅負債不再區分流動及非流動，均歸屬於
    非流動資產及非流動負債項下，並於資產負債表中以單行列示。
  6.刪除「遞延退休金成本」並修改「應計退休金負債」之定義：原版本
    此二項目係依據精算師對退休金事項出具之精算報告入帳，惟因帳務
    處理成本太高，經濟部並不要求一般中小企業採用，企業會計準則公
    報亦無此規定，故衛生財團法人擬比照辦理。另考量某些成立較久之
    財團法人，早期未適用勞基法時已有自訂之退休辦法，並據以提列退
    休金負債，故僅刪除「遞延退休金成本」，另修改「應計退休金負債
    」之定義。
  7.營運活動表刪除「非常損益」及「會計原則變動之累積影響數」，並
    增列「其他淨資產變動」項目。
  8.將營運活動表中原列孳息收入項下之「金融資產評價利益」和「採用
    權益法認列之投資利益」移至業外利益與損失項下，並與同性質之損
    失項目合併為「金融資產評價損益」和「採用權益法認列之投資損益
    」
  9.採間接法編製之現金流量表需單獨列示收付利息、收取股利及支付所
    得稅之金額。
三、未參照企業會計準則修訂部分未單獨列示「本期所得稅資產」及「本
    期所得稅負債」：考量大部分之衛生財團法人無繳納所得稅，若有當
    期應收退稅款或應付所得稅，擬沿用原規定含在「其他應收款」和「
    其他應付款」。