本局設下列科、室，分別掌理各有關事項：
一、作物生產科：農業生產、植物保護、農業資材、農業調查及統計、農
    業行政管理、農業產銷班組織輔導等事項。
二、林務自然保育科：造林計畫、林地管理、環境綠美化、苗圃、林道管
    理、林業行政及配合專業放領後續作業、野生動物保育、野生植物保
    育及自然生態保育等事項。
三、畜牧科：畜牧生產輔導、畜牧行政、畜情動態調查及畜牧場登記管理
    、家畜保險、飼料管理、檢查有機畜產品驗證及管理、畜禽場污染防
    治等事項。
四、農會輔導休閒農業科：農會會務輔導、農會業務輔導、農會推廣教育
    輔導、農會人事管理、農會財務管理、農民保險、農村文化福利事業
    及農會信用部輔導管理、休閒農業、農村再生等事項。
五、運銷加工科：農產品運銷、加工、認證、試驗及研發、國內外宣傳行
    銷、中衛體系計畫及農產品批發市場監督與管理等事項。
六、農地利用管理科：農地利用管理、農業設施管理及農地管理資訊系統
    建置等事項。
七、秘書室：文書、檔案、印信、事務、採購、出納、法制、研考、財產
    管理、工友及適用勞動基準法人員之管理、公共關係、新聞發布及不
    屬於其他科、室之事項。