本局設下列各科，分別掌理各有關事項：
  一、綜合計畫科  掌理綜合業務、環境影響評估、資訊管理、環保教育
      宣導、環保義工、公害糾紛處理、環境用藥管理、毒性化學物質管
      理及災害防救等事項。
  二、空氣品質科  掌理空氣污染防制、噪音與振動之管制、空氣品質監
      測、環境噪音監測及空氣污染防制費徵收等事項。
  三、水質保護科  掌理水污染、海洋污染、熱污染與土壤及地下水污染
      之防治、水質管理、飲用水管理及河川水質監測等事項。
  四、廢棄物管理科  掌理事業廢棄物、公民營廢棄物清除處理機構、環
      境衛生及鄉（鎮、市）公所清潔隊員之管理、執行機關資源回收業
      務及資源回收業之稽核登記暨機動性環境衛生整頓等事項。
  五、環境檢驗科  掌理空氣污染、水污染、廢棄物、飲用水及其他環境
      檢驗分析等事項。
  六、環境工程科  掌理環境工程、區域性垃圾、水肥、灰渣、堆肥、資
      源回收場、垃圾資源回收焚化廠規劃、興建、營運處理，各鄉鎮市
      公所垃圾處理場（廠）之管理監督暨廢棄物清除、處理費徵收及規
      劃等事項。
  七、稽查科  掌理公害稽查、取締及陳情案件處理等事項。
  八、行政科  掌理文書、印信、研考、法制、催繳、採購、財產管理及
      事務管理等事項。

  本局置秘書、科長、技正、專員、股長、技士、稽查員、科員、技佐、
  辦事員、書記。

  本局設人事科，置科長、科員、助理員，依法辦理人事管理事項。

  本局設會計科，置科長、科員、佐理員，依法辦理歲計、會計，並兼辦
  統計事項。

  本局設政風科，置科長、科員、助理員、書記，依法辦理政風事項。

  本規程自中華民國九十七年一月二十三日施行。