本局設下列各科，分別掌理下列事項：
  一、綜合計畫科：綜合規劃及管考、環境影響評估、公害糾紛及公害陳
      情處理、教育宣導、環境品質檢驗等有關事項。
  二、空氣噪音管理科：空氣污染防制、噪音與振動之管制等有關事項。
  三、水質保護科：水污染、土壤及地下水污染防治、海洋污染防治、河
      川水質監測等有關事項。
  四、環境衛生科：環境衛生管理、環境用藥管理、毒性化學物質管理、
      飲用水管理、病媒管制、毒化災害防救、資訊管理等有關事項。
  五、廢棄物管理科：廢棄物管理及回收、廢棄物處理場（廠）營運之管
      理等有關事項。
  六、行政科：文書、印信、研考、法制、採購、財務管理、事務管理及
      其他不屬各科、室業務等有關事項。