主管機關之權責如下: 一、訂定科技工業機構與法人團體合作或相互委託從事研發、產製及維修 之政策、制度及中長程目標。 二、核定主辦機關呈報之中長程計畫。 三、綜理科技工業機構與法人團體合作或相互委託從事研發、產製及維修 之成效管考。 四、管理科技工業機構與法人團體合作或相互委託從事研發、產製及維修 之相關資訊。 五、核定合作或相互委託管制之項目。 六、解釋或函請解釋相關法令。