本局設下列各科，分別掌理有關事項：
  一、綜合計畫科：綜合規劃、管制考核、環境影響評估、公害糾紛及公
      害陳情處理、教育宣導、環境品質檢驗事項、綠色採購、工廠登記
      環保審核及資訊管理等事項。
  二、空氣品質及噪音管制科：熱污染、空氣污染管制、噪音與振動之管
      制事項。
  三、廢棄物管理科：廢棄物管理、資源回收、廢棄物處理場（廠）規劃
      設置及營運管理等事項。
  四、水質保護科：水污染、土壤、地下水及海洋污染防治、河川及海域
      水質監測、飲用水管理等事項。
  五、環境衛生管理科：環境衛生管理、環境用藥管理、天然災害防救、
      毒性化學物質管理、毒性災害管制、病媒防除及管制等事項。
  六、行政科：文書、印信、檔案、研考、法制、採購、財產管理、事務
      管理及公共關係等事項。
  前項各科職掌內容，除法律另有規定者外，必要時得依地方行政機關組
  織準則第八條之規定調整之。