軍醫局為特業幕僚負有下列專業督導之責：
  一、研訂政策與作業審核。
  二、管理國軍衛生勤務所涵蓋之軍隊衛生、預防保健、醫療專業、傷患
      後送、衛材補給、裝備保修、醫學研究、教育訓練等業務。
  三、督導衛生單位及軍醫院完成部隊衛勤與地區醫療支援任務。