本處設各組、隊、室，分別掌理各有關事項：
  一  防疫檢驗組：畜禽飼養登記、畜牧場登記、動物傳染病防治、疑患
      傳染病動物之處理、疫情調查、衛生保健、人畜共通傳染病檢驗、
      獸醫公共衛生檢驗研究、寵物食品檢驗及動物虐待傷害鑑定、動物
      用藥品輔導管理、動物飼料輔導管理、寵物食品衛生安全管理等事
      項。
  二  動物管理組：動物保護政策規劃、擬定及執行，獸醫業務管理、寵
      物登記及生育控制、飼主責任教育及宣導、經濟動物運送管理、實
      驗動物管理及寵物屍體焚化服務等事項。
  三  動物收容組：流浪動物及野生動物之收容、認領、認養、絕育、救
      傷醫療及管理，動物收容處所管理及生命教育推廣等事項。
  四  產業保育組：寵物產業發展策略規劃與分析，寵物繁殖、買賣、寄
      養、租賃、保管、展示、訓練、殯葬等寵物產業輔導管理、法定消
      費者保護業務、自然公園經營管理及野生動物保育管理等事項。
  五  動物救援隊：流浪動物與野生動物救援、捕捉及管制，動物保護法
      、野生動物保育法案件查察取締及違規寵物業查察取締等事項。
  六  秘書室：文書、事務、出納、檔案管理、綜合管考、研究發展、推
      動為民服務、法制業務、資訊管理及不屬於其他各組室等事項。