本局設下列各科、室，分別掌理各有關事項：
  一、綜合規劃科：交通運輸政策之研究釐訂、運輸系統綜合規劃、施政
      工作計畫稽核與管考及運輸資料蒐集分析等事項。
  二、交通治理科：重要工程施工期間交通維持計畫之審議督導暨道安工
      作運作與執行、交通管制工程、停車場設施之規劃、設計、興建、
      運作等工作之督導及其他有關交通執法之督導等事項。
  三、運輸管理科：公共運輸督導管理事項、路政、車輛動員、駕駛人訓
      練、裁決業務、汽車運輸業、大眾捷運、藍色公路營運及公有大眾
      捷運系統財產等督導管理事項。
  四、交通安全科：道路交通安全宣導、行車事故防制策略研擬、道路交
      通安全改善評估、督導車輛行車事故鑑定業務及辦理車輛行車事故
      鑑定覆議等事項。
  五、運輸資訊科：智慧型運輸系統資訊整合分析、運輸資訊分析及資訊
      業務發展等事項。
  六、秘書室：文書、檔案、出納、總務、財產管理、法制、公關、研考
      業務及不屬於其他各單位事項。